Вучэльня была адкрыта ў 1929 годзе. 5 сакавіка1944 года урад СССР стварыў Батумскі марскі інстытут. Інстытут адыграў важную ролю ў развіцці марской дзейнасці ў СССР ў цэлым. У інстытуце навучана да 5 000 высокакваліфікаваных марскіх спецыялістаў; яго выпускнікі працягваюць працаваць па ўсім свеце.
Сучасная акадэмія была створана ўрадам Грузіі ў 1992 годзе, неўзабаве пасля атрымання краінай незалежнасці. Пасля агульнанацыянальнай рэформы сістэмы адукацыі ў 2004 годзе акадэмія атрымала прававы статус універсітэта25 красавіка2005 года.