Пачынаецца ў Івана-Франкоўскай вобласці Украіны, на паўночных схілах хр. Чарнагора (Усходнія Карпаты). З гор недалёка ад Гаверлы Прут цячэ на ўсход у бок Ярэмчэ і Чарнаўцоў у глыбока ўрэзанай даліне. Ніжэй даліна расшыраецца (да 10 км каля г. Леова). Рэчышча звілістае, месцамі парожыстае, на поўдні ўтварае натуральную мяжу паміж Малдовай і Румыніяй. Пачынаючы з горада Ясы, Прут становіцца суднаходным і ўпадае ля Галаца ў Дунай, недалёка ад месца ўпадзення самога Дуная ў Чорнае мора.
Жыўленне ракі снегавое і дажджавое. Назіраецца веснавое разводдзе, частыя летне-асеннія паводкі, павышаны зімовы сцёк (ад адліг і дажджоў). Сярэдні расход вады каля г. Леова 69,2 м³/с.