Згадваецца ў 4 стагоддзі да н.э. пад назвай лац.: PataviumЦітам Лівіем. У 49 годзе да н.э. атрымала правы рымскай муніцыпіі. У 601 годзе разбурана лангабардамі. З пачатку 12 стагоддзя гарадская камуна. У 13 стагоддзі рамесніцкі і гандлёвы цэнтр. У 1318 годзе ў Падуі ўсталявалася сіньёрыя роду Карара, пазней дэла Скала і Вісконці. У 1405-1797 гадах у складзе Венецыянскай рэспублікі. У 15-17 стагоддзях Падуя — буйны культурны цэнтр. У 1813 годзе горад падпарадкаваны Габсбургамі. З 1866 года ў складзе Італьянскага каралеўства.
Архітэктура
Захаваліся рэшткі старажытна-рымскіх грабніц, мастоў, амфітэатра і форума. Сярод архітэктурных помнікаў: палацца дэла Раджонэ (1215-1306), базіліка Сант-Антоніа (1232, побач з ёй конны помнік кандацьеру Гатамелату, 1447-53, скульптар Данатэла), Капэла дэль Арэна (Скравеньі; пачатак 14 стагоддзя, фрэскі Джота ды Бандонэ), Капэла Сан-Джорджа, Сабор Падуі.