Nesta edición de la Copa utilizó un nuevu formatu, nel que los equipos de primer división empezaron la competición nos dieciseisavos de final, con trés eliminatories yá apostaes.
Apostaron la Copa del Rei 2006–07, sellando la so presencia en función de la so clasificación nos cuatro primeres categoríes del sistema de competición lligueru na temporada 2005/06, y partiendo de determinaes rondes según la so categoría na presente campaña, los siguientes equipos:
25 equipos de Segunda División B 2005/06 clasificaos ente los 5 primeros de cada unu de los 4 grupos (escluyíos equipos filiales) y los equipos non filiales con meyor puntuación del restu de clubes de la categoría, hasta completar el citáu númberu:
Los 18 equipos campeones de los grupos de Tercer División d'España 2005-06 (en casu qu'un equipu filial seya campeón del so grupu la plaza axudicar al equipu non filial meyor clasificáu):
La primer ronda del tornéu apostar 18 equipos de 2ª división B y los 18 campeones de grupu de 3ᵉʳ división na temporada 2005-06. La eliminatoria decidir a partíu únicu, apostáu'l 30 d'agostu de 2006.
Na segunda eliminatoria creáronse dos grupos d'eliminatories separaos. La eliminatoria tamién s'apostó a partíu únicu, el día 20 de setiembre de 2006, quedando asignaos los equipos locales por sortéu.
Grupu A
Formáu polos 18 equipos vencedores de la primera eliminatoria, y 6 más de segunda división B.
El sortéu de la tercera eliminatoria celebrar na sede de la RFEF el 25 de setiembre de 2006. Los enfrentamientos apostar a partíu únicu'l día 4 d'ochobre. Al igual que la ronda anterior, quedaron formaos dos grupos, a partir de los equipos clasificaos de los grupos previos.
2 ganadores d'A enfrentáronse a 2 participantes de la Copa de la UEFA.
1 ganador de B enfrentar a 1 participante de la Copa de la UEFA.
5 ganadores de B enfrentar a 5 equipos de primer división.
8 equipos de primer división enfrentar ente sigo.
El formatu camudóse, apostándose les eliminatories a ida y vuelta. La ida apostar nel campu del equipu de menor categoría, y en casu de ser la mesma, decidir por sortéu. Los partíos d'ida xugar ente'l 24 y el 25 d'ochobre, y los de vuelta ente'l 7 y 9 de payares. El partíu de vuelta ente'l Llevante y l'Atlético de Madrid quedó suspendíu pola mor del mala traza del Estadi Ciutat de València, por cuenta de les fuertes agües rexistraes en Valencia y al deterioru por un conciertu previu de Bruce Springsteen.
El partíu de vuelta ente'l Llevante y l'Atlético apostóse finalmente'l 13 d'avientu, y la victoria por unu a cero del Atlético obligó a desempatar dende la tanda de penaltis, na que l'equipu madrilanu consiguió'l pase a los octavos de final.
Cola entrada n'aición de los equipos de primer división, y el sistema d'eliminatoria a doble partíu cola vuelta apostada nel campu del equipu de mayor categoría, amenorgóse considerablemente'l númberu d'equipos modestos. Los dos equipos de tercer división (Peña Sport y Gimnástica Segoviana) cayeron esaniciaos y l'únicu sobreviviente de segunda división B dempués de los dieciseisavos de final foi'l Rayo Vallecano, qu'esanició al campeón de la edición anterior, el RCD Español, venciéndo-y por 0 a 1 nel Estadiu Olímpicu Lluís Companys. De segunda división clasificáronse tres equipos, el Real Valladolid, el Deportivo Alavés y el Málaga CF, que s'impunxeron al Nàstic de Tarragona, Celta de Vigo y Real Sociedad, respeutivamente.
Resultaos
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align="center" | Vuelta
El sortéu de los octavos de final realizó'l 22 de payares, y nél esanicióse cualesquier tipu de restricción. La eliminatoria foi a doble partíu, apostándose la ida'l 10 de xineru de 2007, y la vuelta'l 17 de xineru del mesmu añu.
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