Slippery sequence

Tandem slippage of 2 tRNAs at rous sarcoma virus slippery sequence. After the frameshift, new base pairings are correct at the first and second nucleotides but incorrect at wobble position. E, P, and A sites of the ribosome are indicated. Location of growing polypeptide chain is not indicated in image because there is not yet consensus on whether the −1 slip occurs before or after polypeptide is transferred from P-site tRNA to A-site tRNA (in this case from the Asn tRNA to the Leu tRNA).[1]

A slippery sequence is a small section of codon nucleotide sequences (usually UUUAAAC) that controls the rate and chance of ribosomal frameshifting. A slippery sequence causes a faster ribosomal transfer which in turn can cause the reading ribosome to "slip." This allows a tRNA to shift by 1 base (−1) after it has paired with its anticodon, changing the reading frame.[2][3][4][5][6] A −1 frameshift triggered by such a sequence is a programmed −1 ribosomal frameshift. It is followed by a spacer region, and an RNA secondary structure. Such sequences are common in virus polyproteins.[1]

The frameshift occurs due to wobble pairing. The Gibbs free energy of secondary structures downstream give a hint at how often frameshift happens.[7] Tension on the mRNA molecule also plays a role.[8] A list of slippery sequences found in animal viruses is available from Huang et al.[9]

Slippery sequences that cause a 2-base slip (−2 frameshift) have been constructed out of the HIV UUUUUUA sequence.[8]

See also

References

  1. ^ a b Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (November 1988). "Signals for ribosomal frameshifting in the Rous sarcoma virus gag-pol region". Cell. 55 (3): 447–58. doi:10.1016/0092-8674(88)90031-1. PMC 7133365. PMID 2846182. S2CID 25672863.
  2. ^ Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (January 2008). "Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots". Journal of Molecular Biology. 375 (2): 511–28. doi:10.1016/j.jmb.2007.05.058. PMC 7094456. PMID 18021801.
  3. ^ Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (December 2010). "Stimulation of ribosomal frameshifting by antisense LNA". Nucleic Acids Research. 38 (22): 8277–83. doi:10.1093/nar/gkq650. PMC 3001050. PMID 20693527.
  4. ^ "Dr Ian Brierley Research description". Department of Pathology, University of Cambridge. Archived from the original on 2013-10-02. Retrieved 2013-07-28.
  5. ^ "Molecular Biology: Frameshifting occurs at slippery sequences". Molecularstudy.blogspot.com. 2012-10-16. Retrieved 2013-07-28.
  6. ^ Farabaugh PJ, Björk GR (March 1999). "How translational accuracy influences reading frame maintenance". The EMBO Journal. 18 (6): 1427–34. doi:10.1093/emboj/18.6.1427. PMC 1171232. PMID 10075915.
  7. ^ Cao S, Chen SJ (March 2008). "Predicting ribosomal frameshifting efficiency". Physical Biology. 5 (1): 016002. Bibcode:2008PhBio...5a6002C. doi:10.1088/1478-3975/5/1/016002. PMC 2442619. PMID 18367782.
  8. ^ a b Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (September 2012). "Spacer-length dependence of programmed -1 or -2 ribosomal frameshifting on a U6A heptamer supports a role for messenger RNA (mRNA) tension in frameshifting". Nucleic Acids Research. 40 (17): 8674–89. doi:10.1093/nar/gks629. PMC 3458567. PMID 22743270.
  9. ^ Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). "A genome-wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient -1 ribosomal frameshifting or readthrough in animal viruses". BioMed Research International. 2013: 984028. doi:10.1155/2013/984028. PMC 3835772. PMID 24298557.

Read other articles:

UE Vilassar de Mar

Spanish association football club Football clubVilassar de MarFull nameUnió Esportiva Vilassar de MarFounded6 June 1923; 100 years ago (1923-06-06)GroundXevi Ramon, Vilassar de Mar,Catalonia, SpainCapacity3,000[1]PresidentFrancesc Tolrà i Gel[2]Head coachAlberto AybarLeagueTercera Federación – Group 52022–23Tercera Federación – Group 5, 15th of 16 Home colours Away colours Unió Esportiva Vilassar de Mar is a Spanish football club based in Vilassar ...

 

Parentesi

Disambiguazione – Se stai cercando altri significati, vedi Parentesi (disambigua). Disambiguazione – Parentesi tonde rimanda qui. Se stai cercando il film del 2006, vedi Parentesi tonde (film). Segni di punteggiatura apostrofo ' ’ barra / ⁄ due punti : lineetta ondulata ⁓ lineetta ‒ – — ― parentesi ( ) [ ] { } ⟨ ⟩ < > punti di sospensione … ... punto e virgola ; punto esclamativo ! ¡ ...

 

Jiong dari Xia

Jiong dari Xia Sebuah bejana dari Dinasti Xia Hanzi: 扃 Alih aksara Mandarin - Hanyu Pinyin: Jiōng Ayahanda: Xie dari XiaKeturunan: Jǐn Artikel ini memuat Teks Tionghoa. Tanpa bantuan render yang baik, anda mungkin akan melihat tanda tanya, kotak-kotak, atau simbol lainnya bukannya Karakter Tionghoa. Jiong (1831 – 1810 SM) (Hanzi: 扃; Pinyin: Jiōng) merupakan raja kedua belas dari semi legendaris Dinasti Xia.[1] Keluarga Jiōng adalah putra Raja Xie[2] dan ...

Холокост на Украине

Часть серии статей о Холокосте Идеология и политика Расовая гигиена · Расовый антисемитизм · Нацистская расовая политика · Нюрнбергские расовые законы Шоа Лагеря смерти Белжец · Дахау · Майданек · Малый Тростенец · Маутхаузен ·&...

 

Alasbuluh, Wongsorejo, Banyuwangi

AlasbuluhDesaKantor Desa AlasbuluhPeta lokasi Desa AlasbuluhNegara IndonesiaProvinsiJawa TimurKabupatenBanyuwangiKecamatanWongsorejoKode Kemendagri35.10.18.2003 Luas... km²Jumlah penduduk... jiwaKepadatan... jiwa/km² Alasbuluh adalah sebuah nama desa di wilayah Wongsorejo, Kabupaten Banyuwangi, Provinsi Jawa Timur, Indonesia. Pembagian wilayah Desa ini terdiri dari 2 dusun, yaitu: Dusun Karangbaru Dusun Krajan Pranala luar Situs Resmi Pemerintah Kabupaten Banyuwangi[pranala nonakti...

 

العلاقات الأرجنتينية المدغشقرية

العلاقات الأرجنتينية المدغشقرية الأرجنتين مدغشقر   الأرجنتين   مدغشقر تعديل مصدري - تعديل   العلاقات الأرجنتينية المدغشقرية هي العلاقات الثنائية التي تجمع بين الأرجنتين ومدغشقر.[1][2][3][4][5] مقارنة بين البلدين هذه مقارنة عامة ومرجعية للدول�...

Seminary, Mississippi

Town in Mississippi, United StatesSeminary, MississippiTownMain Street in 2011Location of Seminary, MississippiSeminary, MississippiLocation in the United StatesCoordinates: 31°33′44″N 89°29′49″W / 31.56222°N 89.49694°W / 31.56222; -89.49694CountryUnited StatesStateMississippiCountyCovingtonGovernment • MayorRick HuxArea[1] • Total1.54 sq mi (3.99 km2) • Land1.53 sq mi (3.97 km2)...

 

190th Street station

New York City Subway station in Manhattan New York City Subway station in Manhattan, New York 190 Street  New York City Subway station (rapid transit)Southbound platformStation statisticsAddressWest 190th Street & Fort Washington AvenueNew York, NY 10040BoroughManhattanLocaleWashington Heights, Hudson HeightsCoordinates40°51′32″N 73°56′02″W / 40.8590°N 73.9340°W / 40.8590; -73.9340DivisionB (IND)[1]Line   IND Eighth Aven...

 

Back Street (1932 film)

1932 film Back StreetTheatrical release posterDirected byJohn M. StahlWritten byGladys LehmanLynn StarlingFannie Hurst (novel)Gene Fowler (uncredited)Ben Hecht (uncredited)Produced byCarl Laemmle Jr.E.M. Asher (associate producer)StarringIrene DunneJohn BolesCinematographyKarl FreundEdited byMilton CarruthMusic byJames DietrichDistributed byUniversal PicturesRelease date August 4, 1932 (1932-08-04) Running time93 minutesCountryUnited StatesLanguageEnglishBudget$426,000[1 ...

Provincia de Veliko Tarnovo

Област Велико ТърновоProvincia de Veliko Tarnovo Provincia Escudo Coordenadas 43°19′00″N 25°33′00″E / 43.316666666667, 25.55Capital Veliko TarnovoEntidad Provincia • País  BulgariaGobernador Toshko NikiforovSubdivisiones 10 municipiosSuperficie   • Total 4.662 km²Población (2006)   • Total 291,121 hab. • Densidad 62,5 hab./km²Huso horario EET (UTC+2) • en verano UTC+3Matrícula BT Siti...

 

إنتف الأول

إنتف الأول Intef I(سحر تاوى - إنتف)نقشت لإنتف الأول، نقشها له بعد وفاته منتوحتب الثاني في معبد مونتو، والآن في المتحف المصري.فرعون مصرالحقبة2120 - 2070 ق.م, الأسرة الحادية عشرسبقهمنتوحوتب الأولتبعهإنتف الثاني الألقاب الملكية اسم حورس: سـِحـِر-تاويصانع السلام في الأرضين اسم حور�...

 

نادي التهامي

نادي التهامي السعودي الاسم الكامل نادي التهامي الرياضي السعودي اللقب عميد الجنوب المؤسس محمد سالم باعشن[1] تأسس عام 1948 م - 1368 هـ الملعب ملعب مدينة الملك فيصل الرياضيةجيزان  السعودية(السعة: 10,000) البلد السعودية  الدوري دوري الدرجة الرابعة السعودي 2021 - 2022 2021 - 2022 الإدا�...

復活節的計算

一個來自瑞典的表，用來計算1140年至1671年的復活節日期 復活節的計算（computus，拉丁文「計算」之意），其規則是復活節的日期是在3月21日當日或之後的滿月日後的首個星期日。天主教會設計了方法去定一個「天主教的月」，而不像猶太人般觀察真正的月亮。 歷史 主条目：復活節日期爭論 基督教在二世紀開始，出現兩個紀念耶穌復活的日期：東方的小亞細亞教會，遵循耶...

 

Ho Chi Minh trail

Network of roads in Vietnam, Laos, and Cambodia used by the Viet Cong from 1959 to 1975 Hồ Chí Minh TrailĐường Trường SơnSoutheastern Laos Ho Chi Minh Trail, 1967TypeLogistical systemSite informationControlled byPAVNSite historyBuilt1959–1975In use1959–1975Battles/wars North Vietnamese invasion of Laos Operation Barrel Roll Operation Steel Tiger Operation Tiger Hound Operation Commando Hunt Cambodian Incursion Operation Lam Son 719 Ho Chi Minh Campaign Operation Left ...

 

Hunt County, Texas

County in Texas, United States County in TexasHunt CountyCountyThe Hunt County Courthouse in GreenvilleLocation within the U.S. state of TexasTexas's location within the U.S.Coordinates: 33°07′N 96°05′W / 33.12°N 96.09°W / 33.12; -96.09Country United StatesState TexasFounded1846Named forMemucan Hunt, Jr.SeatGreenvilleLargest cityGreenvilleArea • Total882 sq mi (2,280 km2) • Land840 sq mi (2,200 km2...

العلاقات المجرية المغربية

العلاقات المجرية المغربية المجر المغرب   المجر   المغرب تعديل مصدري - تعديل   العلاقات المجرية المغربية هي العلاقات الثنائية التي تجمع بين المجر والمغرب.[1][2][3][4][5] جدد وزير الشؤون الخارجية والتجارة الهنغاري، بيتر زيجارتو، في 15 نونبر 2023 بال...

 

اللغة الهندية الكاريبية

هندية كاريبية الاسم الذاتي कैरेबियाई हिंदुस्तानी الناطقون 150,000 في السورينام إحصاء 1986م الدول منطقة الكاريبي وخصوصا  سورينام و جامايكا و ترينيداد وتوباغو و غيانا المنطقة منطقة الكاريبي الكتابة حروف لاتينية، ديوناكري النسب هندية أوروبية هندية إيراني�...

 

American History X

American History XPoster rilis teatrikalSutradaraTony KayeProduserJohn MorrisseyDitulis olehDavid McKennaPemeran Edward Norton Edward Furlong Fairuza Balk Stacy Keach Elliott Gould Avery Brooks Beverly D'Angelo Penata musikAnne DudleySinematograferTony KayePenyunting Jerry Greenberg Alan Heim PerusahaanproduksiTurman-Morrissey CompanyDistributorNew Line CinemaTanggal rilis 30 Oktober 1998 (1998-10-30) Durasi119 menitNegaraAmerika SerikatBahasaInggrisAnggaran$20 juta[1]Penda...

Balkan endemic nephropathy

Medical conditionBalkan endemic nephropathyOther namesDanubian endemic familial nephropathyAreas in the Balkans with high prevalenceSpecialtyNephrology  Balkan endemic nephropathy[1] (BEN) is a form of interstitial nephritis causing kidney failure. It was first identified in the 1920s among several small, discrete communities along the Danube River and its major tributaries, in the modern countries of Croatia, Bosnia and Herzegovina, Serbia, Kosovo, Romania, and Bulgaria. It is c...

 

黄文超

黄文超，可以指： 黄文超 (中国工程师)：中华人民共和国工程师。 黃文超 (香港)：香港公務員，現任總選舉事務主任。 这是一个消歧义页，羅列了有相同或相近的标题，但內容不同的条目。如果您是通过某條目的内部链接而转到本页，希望您能協助修正该處的内部链接，將它指向正确的条目。