op. 1 Primi Frutti del Giardino Musicale à due violini e basso (Venice, 1666)
op. 2 Sonate da camera, e da ballo a 1, 2, 3, e 4 (Venice, 1667)
op. 3 Varii fiori del giardino musicale, overo Sonate da camera … aggiunta d'alcuni canoni, for 2 Violins, Viola and B. c. (Bologna, 1669)
op. 4 Arie, correnti, sarabande, gighe, & allemande for Violin and Cello or Spinett (Bologna, 1671)
op. 5 5 Sinfonie, allemande, correnti, e sarabande à 5–6 stromenti, aggiunta d'una sinfonia a quattro, che si può suonare ancora al contrario (Bologna, 1671)
op. 6 Sonate da chiesa à due violini (Venice, 1673)
op. 7 Ariette, correnti, gighe, allemande, e sarabande for 1–4 instruments (Bologna, 1673)
op. 8 Musico prattico che brevemente dimostra il modo di giungere alla perfetta cognizione di tutte quelle cose, che concorrono alla composizione de i canti, e di ciò ch'all'arte del contrapunto si ricerca, (Bologna, 1673; German translation Stuttgart, 1701)
op. 9 Trattenimenti musicali à tre & à quattro stromenti (Bologna, 1675)
op. 10 Cantate per camera a voce sola, libro primo (Bologna, 1677)
op. 11 Cantate per camera a voce sola, libro secondo (Bologna, 1678)
op. 12 Arie e Correnti à tre, due violini e violone (Bologna, 1678)
numerous Madrigals and Arias
1 Opera I primi voli dell’aquila Austriaca del soglio imperiale alla gloria (Modena, 1667)
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William Klenz, Giovanni Maria Bononcini of Bologna (Greenwood, 1987)