تأسس المعهد في عام 1921، باعتباره معهد الفيزياء النظرية بجامعة كوبنهاغن، على يد عالم الفيزياء النظرية الدنماركي نيلز بور، الذي كان عضوًا في فريق عمل جامعة كوبنهاغن منذ عام 1914، والذي كان يضغط من أجل إنشائها منذ ذلك الحين. عين أستاذا في عام 1916. في الذكرى الثمانين لميلاد نيلز بور - 7 أكتوبر 1965 - أصبح المعهد رسميًا معهد نيلز بور.[5] جاء جزء كبير من تمويلها الأصلي من المؤسسة الخيرية لمصنع الجعة كارلسبيرغ، ولاحقًا من مؤسسة روكفيلر.[6]
بعد وفاة والده في عام 1962، خلفه آج بور في منصب مدير معهد نيلز بور، وهو المنصب الذي شغله حتى عام 1970. ظل نشطًا هناك حتى تقاعد عام 1992.[7]
ميدالية الشرف
في عام 2010، عام الذكرى 125 لميلاد نيلز بور، أنشأ المعهد ميدالية الشرف من معهد نيلز بور. إنها جائزة سنوية للباحث المتميز الذي يعمل بروح نيلز بور: التعاون الدولي وتبادل المعرفة.[8]
