تمَّ بناء الدير فوق الكهف الذي أقام فيه المسيح عليه السلام واْول من فكر في المحافظة على قدسية المكان الملكة هيلانة حيث قامت عليه تشييدًا قديمًا منذ عام 325 للميلاد.
كان موقع المسجد الحالي معبداً فلسطينياً قديماً، ثم حوَّله البيزنطيون إلى كنيسة في القرن الخامس ميلادي، وبعد الفتح الإسلامي في القرن السابع حوَّله المسلمون إلى مسجد.