بدأت مرحلة خروج المغلوب في الدوري الأوروبي 2016–17 في 16 فبراير وستنتهي في 24 مايو 2017 بالمباراة النهائية في ملعب فريندز أرينا في سولنا، السويد، للبت في بطل الدوري الأوروبي 2016–17. يشارك ما مجموعه 32 فريقًا في مرحلة خروج المغلوب.^[1]

دور الـ32						دور الـ16						ربع النهائي						نصف النهائي
لودوغورتس رازغراد	1	0	1
كوبنهاغن	2	0	2			كوبنهاغن	2	0	2
ليغيا وارسو	0	0	0			أياكس أمستردام	1	2	3
أياكس أمستردام	0	1	1									أياكس أمستردام (ب.و.إ.)	2	2	4
باوك	0	1	1									شالكه 04	0	3	3
شالكه 04	3	1	4			شالكه 04 (خ)	1	2	3
بوروسيا مونشنغلادباخ	0	4	4			بوروسيا مونشنغلادباخ	1	2	3
فيورنتينا	1	2	3															أياكس أمستردام	4	1	5
إي زد ألكمار	1	1	2															أولمبيك ليون	1	3	4
أولمبيك ليون	4	7	11			أولمبيك ليون	4	1	5
فياريال	0	1	1			روما	2	2	4
روما	4	0	4									أولمبيك ليون (ج.)	2	1	3 (7)
أولمبياكوس	0	3	3									بشكتاش	1	2	3 (6)			النهائي
عثمانلي سبور	0	0	0			أولمبياكوس	1	1	2
هبوعيل بئر السبع	1	1	2			بشكتاش	1	4	5
بشكتاش	3	2	5															أياكس أمستردام			0
سلتا فيغو (ب.و.إ.)	0	2	2															مانشستر يونايتد			2
شاختار دونيتسك	1	0	1			سلتا فيغو	2	2	4
كراسنودار	1	1	2			كراسنودار	1	0	1
فنربخشة	0	1	1									سلتا فيغو	3	1	4
غينت	1	2	3									جينك	2	1	3
توتنهام هوتسبير	0	2	2			غينت	2	1	3
أسترا جورجو	2	0	2			جينك	5	1	6
جينك	2	1	3															سلتا فيغو	0	1	1
أتلتيك بيلباو	3	0	3															مانشستر يونايتد	1	1	2
أبويل	2	2	4			أبويل	0	0	0
رويال أندرلخت (خ)	2	1	3			رويال أندرلخت	1	1	2
زينيت سانت بطرسبرغ	0	3	3									رويال أندرلخت	1	1	2
روستوف	4	1	5									مانشستر يونايتد (ب.و.إ.)	1	2	3
سبارتا براغ	0	1	1			روستوف	1	0	1
مانشستر يونايتد	3	1	4			مانشستر يونايتد	1	1	2
سانت إتيان	0	0	0

الفريق الأول	إجم.	الفريق الثاني	مباراة الذهاب	مباراة الإياب
أتلتيك بيلباو	3–4	أبويل	3–2	0–2
ليغيا وارسو	0–1	أياكس أمستردام	0–0	0–1
رويال أندرلخت	3–3 (خ)	زينيت سانت بطرسبرغ	2–0	1–3
أسترا جورجو	2–3	جينك	2–2	0–1
مانشستر يونايتد	4–0	سانت إتيان	3–0	1–0
فياريال	1–4	روما	0–4	1–0
لودوغورتس رازغراد	1–2	كوبنهاغن	1–2	0–0
سلتا فيغو	2–1	شاختار دونيتسك	0–1	2–0 (ب.و.إ.)
أولمبياكوس	3–0	عثمانلي سبور	0–0	3–0
غينت	3–2	توتنهام هوتسبير	1–0	2–2
روستوف	5–1	سبارتا براغ	4–0	1–1
كراسنودار	2–1	فنربخشة	1–0	1–1
بوروسيا مونشنغلادباخ	4–3	فيورنتينا	0–1	4–2
إي زد ألكمار	2–11	أولمبيك ليون	1–4	1–7
هبوعيل بئر السبع	2–5	بشكتاش	1–3	1–2
باوك	1–4	شالكه 04	0–3	1–1

أبويل فاز 4–3 في الإجمالي.

---

أياكس فاز 1–0 في الإجمالي.

---

3–3 في الإجمالي. أندرلخت فاز في الأهداف الخارجية.

---

جينك فاز 3–2 في الإجمالي.

---

مانشستر يونايتد فاز 4–0 في الإجمالي.

---

روما فاز 4–1 في الإجمالي.

---

كوبنهاغن فاز 2–1 في الإجمالي.

---

سلتا فيغو فاز 2–1 في الإجمالي.

---

أولمبياكوس فاز 3–0 في الإجمالي.

---

غينت فاز 3–2 في الإجمالي.

---

روستوف فاز 5–1 في الإجمالي.

---

كراسنودار فاز 2–1 في الإجمالي.

---

بوروسيا مونشنغلادباخ فاز 4–3 في الإجمالي.

---

ليون فاز 11–2 في الإجمالي.

---

بشكتاش فاز 5–2 في الإجمالي.

---

شالكه 04 فاز 4–1 في الإجمالي.

الفريق الأول	إجم.	الفريق الثاني	مباراة الذهاب	مباراة الإياب
سلتا فيغو	4–1	كراسنودار	2–1	2–0
أبويل	0–2	رويال أندرلخت	0–1	0–1
شالكه 04	3–3 (خ)	بوروسيا مونشنغلادباخ	1–1	2–2
أولمبيك ليون	5–4	روما	4–2	1–2
روستوف	1–2	مانشستر يونايتد	1–1	0–1
أولمبياكوس	2–5	بشكتاش	1–1	1–4
غينت	3–6	جينك	2–5	1–1
كوبنهاغن	2–3	أياكس أمستردام	2–1	0–2

سلتا فيغو فاز 4–1 في الإجمالي.

---

أندرلخت فاز 2–0 في الإجمالي.

---

3–3 في الإجمالي. Schalke 04 won on away goals.

---

Lyon won 5–4 في الإجمالي.

---

Manchester United won 2–1 في الإجمالي.

---

Beşiktaş won 5–2 في الإجمالي.

---

جينك فاز 6–3 في الإجمالي.

---

أياكس فاز 3–2 في الإجمالي.

الفريق الأول	إجم.	الفريق الثاني	مباراة الذهاب	مباراة الإياب
رويال أندرلخت	2–3	مانشستر يونايتد	1–1	1–2 (ب.و.إ.)
سلتا فيغو	4–3	جينك	3–2	1–1
أياكس أمستردام	4–3	شالكه 04	2–0	2–3 (ب.و.إ.)
أولمبيك ليون	3–3 (7–6 ج.)	بشكتاش	2–1	1–2 (ب.و.إ.)

مانشستر يونايتد فاز 3–2 في الإجمالي.

---

سلتا فيغو فاز 4–3 في الإجمالي.

---

أياكس فاز 4–3 في الإجمالي.

---

3–3 في الإجمالي. ليون فاز 7–6 في ركلات الجزاء الترجيحية.

الفريق الأول	إجم.	الفريق الثاني	مباراة الذهاب	مباراة الإياب
أياكس	5–4	ليون	4–1	1–3
سلتا فيغو	1–2	مانشستر يونايتد	0–1	1–1

أياكس فاز 5–4 في الإجمالي.

---

مانشستر يونايتد فاز 2–1 في الإجمالي.

لعبت المباراة النهائية يوم 24 مايو 2017 على ملعب فريندز أرينا في سولنا، السويد.^[62] الفريق «المستضيف» (لأغراض إدارية) تم تحديده من خلال قرعة إضافية عقدت بعد قرعة نصف النهائي.

1. ^ لودوغورتس رازغراد played their home match at ملعب فاسيل ليفسكي الوطني، صوفيا instead of their regular stadium, لودوغورتس أرينا، رازغراد.
2. ^ شاختار دونيتسك played their home match at مجمع ميتاليست أوبلاست الرياضي، خاركيف instead of their regular stadium, دونباس أرينا، دونيتسك, due to the الحرب في دونباس.
3. ^ توتنهام هوتسبير played their home match at ملعب ويمبلي، لندن instead of their regular stadium, وايت هارت لين، لندن, due to renovation.
4. ^ The Lyon v Beşiktaş match, originally scheduled for 21:05 CEST, was delayed to 21:50 CEST due to crowd disturbances.^[56]
5. ^ مباراة أياكس ضد ليون كانت مجدولة في 3 مايو 2017، 18:45 CEST, due to a request made by the بورخميستر of أمستردام، Eberhard van der Laan, as the Remembrance of the Dead will take place in Amsterdam on 4 May.^[59]