ينحدر محمد خيضر من عائلة متواضعة أصيلة مدينة بسكرة، زاول دراسته بمسقط رأسه قبل أن يضطر إلى مغادرة المدرسة لإعالة أهله الفقراء. اشتغل قابضا في حافلات النقل الحضري التي كانت تربط بسكرة بباتنة وغيرها من المدن.
لجأ إلى القاهرة عام 1951، بعد أن ثار ضد قرار الحزب الذي طلب منه تسليم نفسه للسلطات الاستعمارية وأصبح مندوبا لحركة انتصار الحريات الديمقراطية في القاهرة وعضوا في جبهة تحرير المغرب العربي التي كان يرأسها عبد الكريم الخطابي. ومن موقعه هذا، حاول التقريب بين المصاليين والمركزيين دون جدوى. بعد اندلاع الثورة ساهم في تزويد جيش التحرير الوطني بالأسلحة وفي ضمان الدعم العربي للثورة. اعتقل مع أحمد بن بلة ورفاقه يوم 22 أكتوبر 1956 بعد اختطاف الطائرة التي كانت تقلهم من المغرب إلى تونس، ولم يطلق سراحه إلا في 19 مارس1962.
عُيّن عضوا في المجلس الوطني للثورة الجزائرية، وشرفيا في لجنة التنسيق والتنفيذ في عام 1957. كما أدرج اسمه كوزير دولة في الحكومة المؤقتة للجمهورية الجزائرية 1958-1962. بعد توقيف القتال، أطلق سراحه في 19 مارس1962 برفقة أحمد بن بلة. اغتيل في مدريد بإسبانيا في الرابع من يناير 1967.