اعتبارًا من عام 2015، يتكون مجلس العلوم في اليابان من 210 عضوًا منتخبًا (يعينهم رئيس الوزراء) و 2000 عضو مُنتسب. يتضمن تشكيلها التنظيمي جمعية عامة ومجلس تنفيذي وثلاثة اجتماعات لكل قسم (وهي العلوم الإنسانية والعلوم الاجتماعية وعلوم الحياة والعلوم الفيزيائية والهندسة) و 30 لجنة قائمة على مجالات التخصص وخمس لجان إدارية للتشغيل ولجان مخصصة لبعض القضايا.[7]