لعب غونزالو بينديا خلال مسيرته الاحترافية مع 7 أندية في خمسة عشر موسمًا وسجل خلالها 14 هدفًا ضمن 323 مباراة. حيث فاز في موسم واحد بالكأس وفي ثلاثة مواسم بالدوري.
خاض غونزالو بينديا مسيرته مع نادي أونيفرسيداد ناسيونال في موسم 2002–03 ليلعب معه أربعة مواسم، مشاركًا في 52 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا. ثم انتقل إلى نادي غوادالاخارا في موسم 2005–06 ليلعب معه خمسة مواسم، حيث شارك في 114 مباراة سجل خلالها 5 أهداف. لينتقل بعدها إلى نادي سان لويس في موسم 2009–10 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 14 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا. ثم انتقل إلى نادي كروز آزول في موسم 2010–11 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 29 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا أيضًا. هذا وانتقل لاحقًا إلى نادي بويبلا في موسم 2011–12 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 31 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا أيضًا. ثم انتقل بعدها إلى نادي كيريتارو في موسم 2012–13 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 27 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا أيضًا. ليعود وينتقل من جديد، لكن هذه المرة إلى Seattle Sounders (1994–2008) [الإنجليزية] في عامي 2014-2016 ولمدة موسمين، مشاركًا في 56 مباراة سجل خلالها 4 أهداف.[6]
