نشر عمار المحجوبي العديد من البحوث في كتب جماعية أو في مجلات متخصصة من بينها: إفريقيا الرومانية (L’Africa romana) وإفريقيا (Africa). كما ألف الكتب التالية:
Les cités romaines de Tunisie (المدن الرومانية بالبلاد التونسية)، الشركة التونسية للتوزيع، تونس 1967، 157 ص.
Histoire Générale de la Tunisie, I, l’Antiquité (التاريخ العام للبلاد التونسية، 1- العصر القديم) (بلاشتراك مع خالد بالخوجة والهادي سليم، الشركة التونسية للتوزيع، تونس 1968، 408 ص.
La nécropole romaine de Raqqada (المقبرة الرومانية برقادة)، (بالاشتراك)، المعهد القومي للآثار والفنون، تونس، جزءان، ج 1: 1970، ج 2: 1973.
Recherches d’histoire et d’Archéologie à Henchir el-Faouar, I : la cité des Belalitani Maiores (بحوث في التاريخ والآثار بهنشير الفوار، 1- مدينة البلاليتاني مايوراس)، منشورات كلية الآداب - تونس 1978، 550 ص.
أبوليوس: صفحات مختارة بيت الحكمة، قرطاج، 1998، 84 ص.
Villes et structures urbaines de la province romaine d’Afrique (المدن والهياكل الحضرية بولاية إفريقيا الرومانية)، مركز النشر الجامعي، تونس 2000، 255ص.
La provincia Africa de l’occupation romaine à la fin de l’époque sévérienne 146 av. J.-C. – 235 ap. J.-C (ولاية إفريقيا من الاحتلال الروماني إلى نهاية العهد السويري 146 ق م- 235 ب م)، مركز النشر الجامعي، تونس 2005، 207 ص.
Cités antiques de Tunisie (المدن التونسية خلال الفترة القديمة)، وكالة احياء التراث والتنمية الثقافية، تونس 2004، 180 ص.
La Tunisie à l'époque romaine (تونس خلال الفترة الرومانية), دار ابن زيدون، تونس، 2005
البلاد التونسية في العهد الروماني، دار تبر الزمان، تونس، 2016[4]
Mélanges d'histoire ancienne (مقالات في التاريخ القديم)، مؤسسة ليدرز، تونس، 2020