قسمت الفرق الـ 32 إلى ثماني مجموعات من أربعة فرق، مع تحديد تكوين المجموعة من خلال قرعة دور مرحلة المجموعات في دوري أبطال أوروبا 2013–14، والتي أقيمت في موناكو في 29 أغسطس 2013. في كل مجموعة، لعبت الفرق ضدها. بعضهم البعض ذهابًا وإيابًا بتنسيق جولة روبن . كانت أيام المباريات في الفترة من 17 إلى 18 سبتمبر، ومن 1 إلى 2 أكتوبر، ومن 22 إلى 23 أكتوبر، ومن 5 إلى 6 نوفمبر، ومن 26 إلى 27 نوفمبر، ومن 10 إلى 11 ديسمبر 2013، حيث لعبت المباريات في نفس يوم مباريات مباريات دوري أبطال أوروبا المقابلة. ولكن ليس بالضرورة في نفس اليوم، وقد أقيمت بعض المباريات يومي الاثنين والخميس). ويتأهل متصدرو المجموعة ووصيفوها إلى دور الـ16.
ألغيت المباراة بسبب رفض لاعبي أياكس نزول الملعب، معتبرين أن حالة الملعب غير كافية لضمان سلامة اللاعبين.[17] لم تكن المباراة ذات صلة بالتأهل إلى مرحلة خروج المغلوب.
مرحلة خروج المغلوب
في مرحلة خروج المغلوب، لعبت الفرق ضد بعضها البعض في مباراة واحدة. إذا كانت النتائج متساوية بعد انتهاء الوقت الكامل، يتم حسم المباراة بركلات الترجيح (لا يوجد وقت إضافي ). وكانت آلية القرعة لكل جولة على النحو التالي:[18]
دور 16
أقيمت مباريات دور الـ16 أيام 18 و25 و26 فبراير 2014.