ظهر العمري لأول مرة مع لبنان في 7 سبتمبر 2013، تحت قيادة المدرب جوزيبي جيانيني، في مباراة ودية ضد سوريا.[6] ودخل كبديل في الدقيقة 55، وبعد سبع دقائق تلقى بطاقة حمراء مباشرة.[7] واستبعد العمري من المنتخب الوطني من قبل جيانيني. عاد إلى الفريق في عام 2015 تحت قيادة ميودراغ رادولوفيتش.[7] جاء هدفه الأول للبنان في 12 نوفمبر 2015، حيث سجل تسديدة على بعد 30 مترًا في شباك لاوس في تصفيات كأس العالم 2018.[8] وجاء هدفه الثاني بعد خمسة أيام، حيث سجل برأسية في مباراة ضد مقدونيا.[9] في ديسمبر 2018، استدعي لتشكيلة كأس آسيا 2019.[10] لعب 90 دقيقة كاملة في جميع مباريات دور المجموعات الثلاث.[6] إلا أن لبنان لم يتمكن من الوصول إلى مراحل خروج المغلوب من البطولة.[11] وفي 5 سبتمبر 2019، أعلن الاتحاد اللبناني لكرة القدم عن استبعاده إلى أجل غير مسمى من المنتخب الوطني، إلى جانب زميله باسل جرادي، لرفضه الاستدعاء لمباراة تصفيات كأس العالم 2022 ضد كوريا الشمالية.[12][13] وبعد تقديم اعتذار يوضح أسباب رفض الاستدعاء، رفع الاتحاد اللبناني لكرة القدم الاستثناءات وأعيد العمري إلى المنتخب الوطني في 19 سبتمبر 2019.[14] وفي 5 يونيو 2021، سجل هدفين في مرمى سريلانكا، وركلة مقصية، ليساعد لبنان على الفوز بنتيجة 3–2 في تصفيات كأس العالم 2022.[15] واختير كأفضل لاعب في غرب آسيا لشهر يونيو من قبل الاتحاد الآسيوي لكرة القدم لأدائه.[16]
^جوان "العميد" يعود إلى منتخب لبنان ["Colonel" Joan returns to the Lebanon national team]. alittihad.ae. 1 أكتوبر 2017. مؤرشف من الأصل في 2023-10-29. اطلع عليه بتاريخ 2019-07-23.
^ ابجوان العمري.. أن تأتي متأخّراً [Joan Oumari.. it came too late]. Lebanon Football Guide. 5 يونيو 2021. مؤرشف من الأصل في 2023-10-29. اطلع عليه بتاريخ 2021-06-06.
^عودة جرادي والعمري إلى المنتخب [Jradi and Oumari return to the national team]. Lebanon Football Guide. 19 سبتمبر 2019. مؤرشف من الأصل في 2023-10-29. اطلع عليه بتاريخ 2019-09-19.