تأسست جامعة طيبة بكلية واحدة فقط وهي كلية التربية والتي صدر الأمر السامي بتأسيسها في العام 1397/3/12هـ بتكليف أ.د. محمد إسماعيل ظافر عميداً مؤسساً، ولتكون تابعة لجامعة الملك عبد العزيز بجدة كفرع رئيس ومنها انطلقت باقي الكليات مثل كلية العلوم وكلية علوم وهندسة الحاسبات وكلية العلوم المالية والإدارية، وتوسعت إلى أن أصبحت على ما هي عليه الآن.
البرامج والدرجات العلمية
تمنح جامعة طيبة درجات الدبلوم، البكالوريوس ،الماجستير والدكتوراه عبر برامجها الأكاديمية المتنوعة في التخصصات الصحية،العلمية ،النظرية ،التطبيقية. كما تتميز الجامعة بمخرجاتها التنافسية في البرامج الصحية، وتسعى لبناء بيئة تعليمية جاذبة ومميزة لاستقطاب الطلبة الموهوبين والطلبة الدوليين مع دعمهم من خلال توفير منح دراسية في منصة (أدرس في السعودية). تقدم جامعة طيبة برامجها في المدينة المنورة وفروعها الست في محافظة ينبع والعلا والحناكية وخيبر والمهد وبدر، حيث تم موائمة نوعية البرامج المقدمة مع إحتياج كل محافظة، كما تعمل الجامعة على تطوير وتحديث برامجها الأكاديمية بما يتوافق مع متطلبات سوق العمل بهدف زيادة معدلات توظيف الخريجين وفق مستهدفات برنامج تنمية القدرات البشرية أحد برامج رؤية المملكة ٢٠٣٠ .
وكالات الجامعة
وكالة الجامعة: د. محمد بن مفرج الحويطي.
وكالة الجامعة للشؤون الأكاديمية: د. جمال بن قرناس المرعشي.
وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي: د. هتان بن فهد أبوطربوش.