جامعة النيلين هي جامعة حكومية كانت سابقاً تعرف بجامعة القاهرة فرع الخرطوم، وقد تأسست في العام 1956 م في عهد الرئيس المصري جمال عبد الناصر لتكون جسر تواصل علمي وثقافي للعلاقات بين السودانومصر، وفي عهد ثورة الإنقاذ تم تحويلها إلى ”جامعة النيلين“ في عام 1993م، وهي جامعة عريقة، كانت تتكون من كلية القانونوالآدابوالتجارة والعلوم، أضيفت لها في التسعينات كليات: الطبوالصيدلةوالهندسةوالبصريات والعلوم الرياضية و المختبرات والعلوم والتكنولوجيا والمختبرات الطبية وتعد أكبر جامعة سودانية من حيث عدد الطلاب، ثم ألحقت بها العديد من الكليات.[2][3]
جامعة النيلين من أعرق الجامعات السودانية والعربية وتقع معظم كليات جامعة النيلين في شارع الجمهورية في مقرن النيلين وبالقرب من جزيرة توتي
وهي أكبر الكليات في الجامعة وتنقسم الي مدرستين مدرسة التجارة وتشمل أقسام الإدارة والمحاسبة والتأمين ومدرسة الدراسات الاقتصادية والاجتماعية وتشمل أقسام العلوم السياسية وعلم الاجتماع وقسم الاقتصاد.
كلية القانون
من الكليات الكبيرة والمتميزة حيث يتم فيها امتحان تنظيم مهنة القانون (المعادلة) لخريجي القانون بالجامعات السودانية.
كلية النفط والمعادن
وتضم خمسة أقسام وهي: الجيولوجيا، جيولوجيا البترول، الثروات المعدنية، جيولوجيا المياه والجوفيزياء. تعتبر الكلية من أفضل الكليات المختصة بعلوم الأرض في السودان حيث تضم كادر مؤهل، مقررات مواكبة ومعامل مجهزة وتهتم كثيرا بالعمل الحقلي.