لعب توماس هيتزلسبيرغر خلال مسيرته الاحترافية مع 8 أندية في ستة عشر موسمًا وسجل خلالها 31 هدفًا ضمن 259 مباراة. ولم يفز بأي موسم بالكأس وفاز في موسم واحد بالدوري.
خاض توماس هيتزلسبيرغر مسيرته مع نادي بايرن ميونخ ب في موسم 1999–00 لمدة موسم واحد، لم يشارك في أي مباراة ولم يسجل أي هدف. ثم انتقل إلى نادي أستون فيلا في موسم 2000–01 ليلعب معه خمسة مواسم، حيث شارك في 99 مباراة سجل خلالها 8 أهداف. لينتقل بعدها إلى نادي شتوتغارت في موسم 2005–06 ليلعب معه خمسة مواسم، مشاركًا في 125 مباراة سجل خلالها 20 هدف. ثم انتقل إلى نادي لاتسيو في موسم 2009–10 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 6 مباريات سجل خلالها هدفًا واحدًا. هذا وانتقل لاحقًا إلى نادي وست هام يونايتد في موسم 2010–11 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 11 مباراة سجل خلالها هدفين. ثم انتقل بعدها إلى نادي فولفسبورغ في موسم 2011–12 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 6 مباريات ولم يسجل أي هدف. ليعود وينتقل من جديد، لكن هذه المرة إلى نادي إيفرتون في موسم 2012–13 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 7 مباريات ولم يسجل أي هدف أيضًا.[7]