عند استقلال الكونغو عام 1960، أصبحت وزارة الزراعة الكونغولية تشرف على معهد الحدائق الوطنية في الكونغو البلجيكية. ساهم التمرد والحرب الأهلية في خلق اضطرابات في صفوف الحدائق الوطنية الواقعة شرقا متسببا في مقتل 23 من الحراس والقييمين خلال الصراع.[2]
أُعيد تسميته بالمعهد الوطني للحفاظ على الطبيعة عام 1967.
أُنشئ «المعهد الزائيري لحماية الطبيعة» بعد مرسوم قانون رقم 75-023 المؤرخ في 22 يوليو1975، ليحل محل المعهد الوطني للمحافظة على الطبيعة.[3] وتم تعديل وإكمال وضعه بعد مرسوم قانون رقم 78-190 المؤرخ في 5 مايو1978 بشأن اعتباره شركة عامة يُطلق عليها «المعهد الكونغولي للمحافظة على الطبيعة».[2]
عندما أصبحت الزائير تُسمى في عام 1997 جمهورية الكونغو الديمقراطية، حمل المعهد اسم المعهد الكونغولي للمحافظة على الطبيعة.