في سنة 685 تم اختياره بطريركا لأنطاكيا كونه أحد أكثر الرهبان المتعلمين بها، وتزامن ذلك مع الهجوم الذي شنه الإمبراطور البيزنطيجستنيان الثاني على أنطاكيا بعد أن تعاظمت سيطرة المردة على تلك الأنحاء، وتمكن فعلا من هزيمة جيش المردة وتدمير عدة أديرة وكنائس من ديرة دير مار مارون الشهير. ففر يوحنا مارون إلى جبل لبنان وأسس ديرا في كفر حي سماه بريش موران (بالسريانية: ܪܝܫ ܡܪܢ) أي «رأس سيدنا» أصبح بعدئذ مقرا لبطاركة الموارنة.
Michel Breydy, Jean Maron. Expose de la foi et autres opuscules. Syr. 209. CSCO (Corpus Scriptorum Christianorum Orientalium), Bd. 407, Peeters, Louvain 1988
Michael Breydy: Johannes Maron. In: Biographisch-Bibliographisches Kirchenlexikon (BBKL). Band 3, Bautz, Herzberg 1992, ISBN 3-88309-035-2, Sp. 480–482.