في 22 يناير1808 وصل جواو وحاشيته إلي السلفادور العاصمة السابقة للمستعمرة، وهناك وقع الأمير جواو على اتفاق لافتتاح التجارة بين البرازيل و«الدول الصديقة» أمثال: المملكة المتحدة، هذا القانون الجديد كان يخرق الاتفاق الاستعماري الذي يسمح للبرازيل للحفاظ على علاقات تجارية مباشرة مع البرتغال فقط، لهذا تمت مفاوضات سرية في لندن في عام 1807 من قبل السفير البرتغالي دومينغوس أنطونيو دي سوزا كوتينيو بضمان الحماية العسكرية البريطانية في مقابل حصول البريطانيين على الموانئ في البرازيلوماديرا كقواعد بحرية، مهدت المفاوضات السرية الطريق لكوتينيو في عبور قانون الأمير جواو ليؤتي ثماره في عام 1808.[1]
من بين التدابير الهامة التي اتخذها جواو السادس في السنوات التي قضاها في البرازيل خلق حوافز للتجارة والصناعة، مما سمح للصحف والكتب التي سيتم طباعتها، وإنشاء مدرستين للطبابة، وإنشاء الأكاديميات العسكرية، وإنشاء أول بنك البرازيل في ريو دي جانيرو أسس أيضا مصنع للبارود، وحديقة نباتية، وأكاديمية الفنون الجميلة (بالبرتغالية: Nacional de Belas Artes)، ودار الأوبرا (مسرح ساو جواو)، ساهمت كل هذه التدابير في استقلال البرازيل لاحقاً عن البرتغال.
نظرا لغياب الملك والاستقلال الاقتصادي للبرازيل، ودخلت البرتغال أزمة سياسية حادة ملزمةً جواو السادس والأسرة المالكة للعودة إلى البرتغال في عام 1821، وريث جواو السادس الأمير بيدرو بقي في البرازيل، بعد العودة طالب البلاط البرتغالي برجوع البرازيل إلى الوضع السابق كمستعمرة وعودة ولي العهد إليها، إلا أن الأمير بيدرو رفض العودة إلى البرتغال (9 يناير1822)، وجاء الاستقلال السياسي في 7 سبتمبر1822 وتوج الأمير إمبراطوراً في ريو دي جانيرو الدوم بيدرو الأول، وبذلك انتهي 322 عاماً من الهيمنة الاستعمارية البرتغالية على البرازيل، اعترفت البرتغال باستقلال البرازيل عنها بضغط من حليفتها بريطانيا عام 1825 من خلال معاهدة ريو دي جانيرو.
