بدأ مهدافيكيا مسيرته الكروية مع نادي بانك ميلي، وفي عام 1995 انتقل إلى نادي برسبوليس، ولعب له لمدة ثلاثة مواسم، وفي موسم 1998–99 انتقل إلى نادي بوخوم الألماني، ولعب له 12 مباراة وسجل 3 أهداف، وفي عام 1999 انتقل إلى نادي هامبورغ الألماني، ثم انتقل إلى نادي إنتراخت فرانك فورت 2007 وما زال يلعب معه إلى الآن.
لعب مهدي مهدفيكيا خلال مسيرته الاحترافية مع 6 أندية في تسعة عشر موسمًا وسجل خلالها 54 هدفًا ضمن 384 مباراة. ولم يفز بأي موسم بالكأس وفاز في موسمين بالدوري.
خاض مهدي مهدفيكيا مسيرته مع نادي برسبوليس في موسم 1995–96 في المرة الأولى واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم ثم في موسم 2011–12 ولمدة موسمين، مشاركًا طوالها في 81 مباراة سجل خلالها 21 هدفًا. ثم انتقل إلى نادي بوخوم في موسم 1998–99 لمدة موسم واحد، حيث شارك في 12 مباراة سجل خلالها 3 أهداف. لينتقل بعدها إلى نادي هامبورغ في موسم 1999–00 ليلعب معه ثمانية مواسم، مشاركًا في 211 مباراة سجل خلالها 26 هدفًا. ثم انتقل إلى نادي آينتراخت فرانكفورت في موسم 2007–08 ولمدة موسمين، مشاركًا في 32 مباراة ولم يسجل أي هدف. هذا وانتقل لاحقًا إلى نادي ستيل آذين في موسم 2009–10 ولمدة موسمين، مشاركًا في 34 مباراة سجل خلالها 4 أهداف.[10]