قبل عشرين سنة قام مكتب التحقيقات الفيدرالي بعمل تحقيق بشأن المنظمة السوداء. ووقع أول اشتباك بين الجانبين عندما قامت بلموت بقتل والد ووالدة جودي ستارلينغ وكانت في الثامنة آنذاك، وأحرقت منزله ودمرت ملفاته التي تدين المنظمة.
قام أصدقاء والد جودي ستارلينغ بوضعها جبرًا في برنامج حماية الشهود، خاصة بعد معرفة المنظمة السوداء عنها. لكنها لم تلبث طويلا، حتى انضمت إلى FBI لاستكمال التحقيق الذي بدأه أبيها. وقبل خمس سنوات، تسلل عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي إلى المنظة السوداء تحت اسم مستعار (داي موروبوشي) (باليابانية: 諸星 大، بالروماجي: Moroboshi Dai)، وقام بمواعدة أكيمي ميانو، أخت آي هايبرا (شيهو ميانو) العالمة المخترعة للعقار عقار APTX4869 الذي تسبب بتقلص شينتشي كودو ليصبح كونان إيدوجاوا، من أجل استخدام نفوذها ولتسهيل إعطاء الـFBI المعلومات.[3]
بعد أن استطاع أكاي شويتشي أن يصبح عميلاً في المنظمة السوداء وتم منحه الاسم المستعار راي (بالإنجليزية: Rye)، أصبح أكاي شويتشي يعمل تحت إمرة جين مباشرة. وضع مكتب التحقيقات الفدرالي خطة بأمل القبض على جين في مستودع حيث كان من المفترض أن يعقد اجتماعًا، لكن كُشف أمره بسبب خطأ من أندريه كاميل ففشلت مهمته وخرج من المنظمة. وبعد ذلك، عندما قتل جين صديقته اعتبره أكاي عدوه الشخصي.[4] هدف مكتب التحقيقات الحالي هو القبض على بلموت التي تعتبر من الأعضاء المقربين من زعيم المنظمة. فهي تعمل كممثلة مشهورة في أمريكا من أجل إخفاء شخصيتها. ولهذا قام فريق من مكتب التحقيقات الفيدرالي بقيادة جيمس بلاك بنقل نشاط الفريق إلى اليابان والقيام بالتحقيق سرًا عن المنظمة بعيدًا عن معرفة السلطات اليابانية.
تتوالى الأحداث ويصبح كونان في صف الـ FBI بعد أن ساعد العميلة جودي سانتيمليون في البحث عن المنظمة وفي تخليصها من فخ عضوة المنظمة السوداء بلموت.[5] فأمسكوا بإحدى أفراد المنظمة السوداء اسمها ميزوناشي رينا ولقبها «كير»، لكن تبين لهم أنها عميلة للـ وكالة المخابرات المركزية. فتعقد اتفاقًا مع شويتشي أكاي بأن تزود الـ FBI بالمعلومات،[6] في مقابل مساعدتها مرة أخرى في دخول المنظمة وحماية أخيها الصغير إيسوكي هوندو من خطر المنظمة بوضعه تحت برنامج حماية الشهود.[7]
لم تعد المنظمة السوداء تثق في ميزوناشي رينا بعد أن خطفها الـ FBI، فأرادت التأكد من ولائها التام لها. فأجبر جينميزوناشي رينا على ترتيب لقاء مع شويتشي أكاي تخبره أنها تريد أن تكشف أسرار المنظمة، وتستغل قدومه وحده لتقتله. بالفعل حدث ما خطط له جين، وتم القضاء على شويتشي أكاي.[8] بعدها حامت الشكوك حول موت أكاي وشكت المنظمة السوداء في الأمر، فاستعانت بعميلها بوربون للتحقيق في الأمر، وبمساعدة بلموت، قام بوربون بالتنكر بشكل أكاي مع حرق في وجهه للتأكد من موته عن طريق ردة فعل زملائه وأصدقائه المقربين،[9] كما قام بوربون بالعمل كنادل في المقهى الواقع تحت وكالة كوغورو موري للتحريات للتأكد من موت شويتشي أكاي.[10] لكن بمساعدة كونان إيدوجاوا و الدكتور هيروشي أغاسا، تم تلفيق عملية القتل ولم يعرف بها أحد، وتنكر أكاي بشخصية سوبارو أوكيا.[11]
العملاء
هناك العديد من العملاء في اليابان، ولكن خمسة فقط الذين وردت شخصياتهم في السلسلة حتى الآن.
جودي ستارلينغ: فتاة ذكية جدًا، تتخذ من عملها كمعلمة اللغة الإنجليزية غطاء لها في جمع المعلومات، قتل أبيها على يد بلموت، ومنذ ذلك الحين تتوعد بالانتقام.
من المعروف أن كل من مكتب التحقيقات الفيدرالي والمنظمة السوداء أعداء لمدة لا تقل عن عشرين عاماً، عندما قتلت بلموت والدي جودي ستارلينغ عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي. أما سبب نشوء هذه العدواه والصراع بينهم، غير معروف تماماً، لكن يغترض أن بداية الصراع كان بسبب عمليات قامت بها المنظمة في الولايات المتحدة الأمريكية. وقد أدت الاشتباكات المتكررة بين الطرفين إلى نشوء صراعات شخصية بين أفراد المنظمتين، مثل جودي ستارلينغ و بلموت، وبين جينوأكاي شويتشي. على الرغم من تلك الصراعات الشخصية، يبقى هناك نوع من الاحترام السائد بين الخصوم بسبب اعجاب الطرف بمناورات وتحركات الطرف الأخر. يذكر أن عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي قد انضم للمنظمة كعميل مزدوج تحت الاسم الرمزي راي، وقد كان قريباً جداً من الإمساك بجين، لولا خطاً ساذج من العميل أندريه كاميل، مما تسبب في خروج أكاي شويتشي بدون تحقيق أهدافه. تطلق المنظمة السوداء على أكاي شويتشي الذي تخشاه و يخشاه زعيمهم لقب الرصاصة الفضية، حيث يؤمنون بقدرته على الإطاحة بالمنظمة السوداء.
لم توافق السلطات اليابانية على عمل مكتب التحقيقات في اليابان، لذلك فهم يعملون دون إذن منهم مما يمنعهم من بعض الامتيازات المهمة مثل التحقق من بيانات المجرمين الموجودة لدى السلطات اليابانية. تلاقت العميلة جودي سانتيمليون وغيرها من العملاء أكثر من مرة مع أفراد الشرطة اليابانية، وعند علمهم بكونهم عملاء للـ FBI كانوا يلجؤون لكذبة أنهم في عطلة بعد الفشل في إحدى المهمات في الولايات المتحدة.
