شارك المعهد في تجارب برنامج التسلح النووي الألماني في الفترة من 1933 إلى 1942،[3] وبعد عام من انتهاء معارك الحرب العالمية الثانية في أوروبا، انتقل المعهد إلى غوتنغن وغُير اسمه إلى معهد ماكس بلانك للفيزياء، وظل هايزنبيرغ (الذي كان يديره منذ سنة 1942) مديرًا إداريًا له. وفي سنة 1946، انضم كارل فريدريش فون فايساكر إلى هيئة العاملين بالمعهد وصار مديرًا لقسم الفيزياء النظرية، وانضم إليه كارل فيرتز وصار مديرًا لقسم الفيزياء التجريبية.
وفي سنة 1955، قررت إدارة المعهد نقله إلى ميونخ، وسرعان ما شرعت في إنشاء مبناه الحالي، الذي صممه المعماري الألماني سب روف، وانتقل المعهد إلى المقر الحالي في 1 سبتمبر 1958، وغير اسمه إلى معهد ماكس بلانك للفيزياء والفيزياء الفلكية، وكان هايزنبيرغ بعد مديرًا إداريًا له. وفي سنة 1991، انقسم المعهد إلى معهد ماكس بلانك للفيزياء ومعهد ماكس بلانك للفيزياء الفلكيةومعهد ماكس بلانك لفيزياء خارج الأرض.
.svg){kind=small}
