يتكون مثنوي البروتين المتجانس من بروتينين متماثلين (نسختين من نفس البروتين)، ويتكون مثنوي البروتين المتغاير من بروتينين مختلفين. أغلب مثنويات البروتين في الكيمياء الحيوية غير مرتبطة بروابط تساهمية. من الأمثلة على المثنويات المتغايرة غير المرتبطة تساهميا هو إنزيم الناسخ العكسي الذي يتكون من سلسلتين مختلفتين من الأحماض الأمينية.[2] أحد الاستثناءات هي المثنويات المرتبطة بجسور ثنائي كبريتيد مثل المثنوي المتجانس IKBKG[الإنجليزية].[3]
تحتوي بعض البروتينات على نطاقات متخصصة تضمن التثني (نطاقات التثني) والتخصصية.[4]