لعب ماركوس بابل خلال مسيرته الاحترافية مع 6 أندية في ثمانية عشر موسمًا وسجل خلالها 22 هدفًا ضمن 384 مباراة. حيث فاز في ثلاثة مواسم بالكأس وفي أربعة مواسم بالدوري.
خاض ماركوس بابل مسيرته مع نادي بايرن ميونخ ب في موسم 1990–91 ولمدة موسمين، مشاركًا في 29 مباراة سجل خلالها 4 أهداف. ثم انتقل إلى نادي بايرن ميونخ في موسم 1991–92 في المرة الأولى لمدة موسم واحد ثم في موسم 1994–95 ليلعب معه ستة مواسم، حيث شارك طوالها في 182 مباراة سجل خلالها 9 أهداف. لينتقل بعدها إلى نادي هامبورغ في موسم 1992–93 ولمدة موسمين، مشاركًا في 60 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا. ثم انتقل إلى نادي ليفربول في موسم 2000–01 واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم، مشاركًا في 42 مباراة سجل خلالها 3 أهداف. هذا وانتقل لاحقًا إلى نادي بلاكبيرن روفرز في موسم 2003–04 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 25 مباراة سجل خلالها 3 أهداف أيضًا. ثم انتقل بعدها إلى نادي شتوتغارت في موسم 2004–05 واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم، مشاركًا في 46 مباراة سجل خلالها هدفين.[4]
