شغل أيضاً منصب وزير الحربية بجانب إشرافه على المخابرات العامة خلال الفترة (أغسطس1967- فبراير1968)، ولم يصدر له قرار جمهوري بتولي رئاسة الجهاز.[1][2][3]:ج1ص123[4][6]:219
هناك خلاف بين المصادر حول نهاية فترته كرئيس للمخابرات العامة حيث نشرت جريدة الوقائع المصرية قرار للمخابرات العامة في مايو1990 مذيل بتوقيع أمين محمود نمر كرئيس للجهاز.[1][2][4][23]
قد تكون فترة توليه رئاسة الجهاز خلال الفترة (1983 - 1986) أمراً مرجحاً، وذلك قبل أن يشغل منصب محافظ في عام 1986،"وهي فترة غير معلوم اسم رئيس الجهاز خلالها ولا توجد مصادر ترجح هذا الادعاء" نظراً للتالي:
تعارض الفترة الحالية لنور الدين عفيفي (1992 - 1993) مع تولي عمر سليمان رئاسة جهاز المخابرات العامة خلال الفترة (مارس1991 - يناير2011).
اتفاق الفترة (1983 - 1986) مع بداية تولي نور الدين عفيفي منصب محافظ في عام 1986.
اتفاق الفترة (1983 - 1986) مع افتراض شغله لمنصب حكومي ما بين خروجه من القوات المسلحة وتوليه منصب محافظ في عام 1986 حيث كان يشغل مدير إدارة الشرطة العسكرية خلال أحداث مايو 1971 (ومن غير المرجح أن يشغل منصب مدير إدارة الشرطة العسكرية لمدة قد تزيد عن 15 عام).
في نفس الوقت المصادر التي تذكر أن نور الدين عفيفي كان رئيساً للمخابرات العامة خلال الفترة (1991 - 1993) تتعارض مع المصادر التي تذكر أنه كان يشغل منصب محافظ على فترتين متصلتين (13 يوليو1986 - 6 مايو1992).
تلك الفترة تتفق مع المصادر التي تذكر أن عمر سليمان كان يشغل منصب مدير المخابرات الحربية (يوليو1989 - مارس1991) وأن محمد دسوقي الغاياتي خلفه كمدير للمخابرات الحربية في مارس1991.
بعض المصادر تذكر أن عمر سليمان بدأ رئاسته لجهاز المخابرات العامة في 22 يناير1993:
تلك الفترة تتفق مع المصادر التي تذكر أن نور الدين عفيفي انتهت رئاسته لجهاز المخابرات العامة سنة 1993 وأن عمر سليمان كان خلفه في المنصب.[1][2][4][27][28][29]:9[30]:334
أرجح الآراء هي:
في حالة شغل نور الدين عفيفي منصب رئيس جهاز المخابرات العامة قبل أن يبدأ فترته كمحافظ في عام 1986
في تلك الحالة تكون بداية فترة عمر سليمان كرئيس لجهاز المخابرات العامة في 4 مارس1991 كما ترجحها أغلب المصادر وكما ذكرها عمر سليمان نفسه في أقواله في تحقيقات قضائية،[26] وهي الفترة التي تتفق مع إنهاء خدمته كمدير للمخابرات الحربية في مارس1991.
قد تكون فترة نور الدين عفيفي كرئيس لجهاز المخابرات العامة هي (1983 - 1986) "وهي فترة غير معلوم اسم رئيس الجهاز خلالها ولا توجد مصادر ترجح هذا الادعاء"، ثم بدأ بعدها فترته كمحافظ في عام 1986 خاصة وأنه كان يشغل مدير إدارة الشرطة العسكرية خلال أحداث مايو 1971 مما يرجح بشكل كبير أنه لم يتولى منصب المحافظ مباشرة بعد خروجه من القوات المسلحة.
في حالة شغل نور الدين عفيفي منصب رئيس جهاز المخابرات العامة خلال الفترة (1992 - 1993) بعدما أنهى فترته كمحافظ في عام 1992
الرأي الأول: أن عمر سليمان أنهى رئاسته للمخابرات الحربية في مارس1991 ثم شغل منصب رئيس جهاز المخابرات العامة على فترتين منفصلتين من (1991 - 1992) ثم (1993 - 2011) كان بينهما فترة تولى خلالها نور الدين عفيفي رئاسة جهاز المخابرات العامة (1992 - 1993) ولكن في تلك الحالة ستكون سابقة الأولى من نوعها بأن يترك رئيس جهاز المخابرات العامة منصبه ثم يعود إليه مرة أخرى بعدما خلفه في المنصب شخص آخر. "لا توجد مصدر ترجح هذا الادعاء"
الرأي الثاني: أن عمر سليمان أنهى رئاسته للمخابرات الحربية في مارس1991 ثم تولى رئاسة هيئة الأمن القومي التابعة لجهاز المخابرات العامة ثم تولى رئاسة جهاز المخابرات العامة في 22 يناير1993 بعدما انتهت رئاسة نور الدين عفيفي لجهاز المخابرات العامة.[31]:526"مصدر وحيد وضعيف"
طبقاً للمادة الثانية من القانون رقم 100 لسنة 1971 تكون المخابرات العامة من رئيس بدرجة وزير ونائب رئيس بدرجة نائب وزير وعدد من الوكلاء الأول والوكلاء وعدد كاف من الأفراد.[45]