بدأ ستيفو بنداروفسكي مسيرته الحكومية كمساعد وزير للعلاقات العامة في وزارة الشؤون الداخلية ورئيس لقسم التحليل والبحوث بالوزارة من 1998-2001. شغل منصب مستشار الأمن القومي وكبير مستشاري السياسة الخارجية للرئيسبوريس ترايكوفسكي من عام 2001 وحتى وفاة تراجكوفسكي في عام 2004. بعد أن ترأس لجنة الانتخابات في الفترة 2004-2005، عمل مرة أخرى كرئيس للأمن القومي وكبير مستشاري السياسة الخارجية للرئيس القادم، برانكو كرفينكوفسكي، من 2005 إلى 2009.[4]