تواجه الدلافين النهرية خطر الانقراض، نظراً لتراجع البيئة التي تعيش فيها، الصيد الجائر، وقلة أعدادها. كذلك، للدلافين النهرية بصر ضعيف، ويعتقد أن بعضها عمياء، مما قد يؤدي إلى اصطدامها خطأً بالقوارب وشباك الصيد. لبعض الدلافين الأخرى القدرة على العيش في بيئات محيطية أو نهرية على حد السواء، كالتوكوشي، لكنها لا تصنف تحت فوق عائلة الدلافين النهرية. اعتبر البايجي (دلفين نهر اليانغتز) منقرضاً عملياً عام 2006.
