تأسست الجامعة سنة 1998 كمركز تابع لجامعة باجي مختارعنابة، ثم أصبحت ذات طابع علمي وثقافي ومهني يتمتع بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي، وفق للمرسوم التنفيذي رقم (01-279) المؤرخ في 30 جمادى الثانية عام 1422 الموافق لـ: 30 سبتمبر 2001 وحدد عدد معاهد ب 2 :
معهد العلوم والتكنولوجيا.
معهد العلوم القانونية.
تم تعديل المرسوم التنفيذي أعلاه بمرسوم تعديلي ومتمم رقم (06-282) المؤرخ في 21 رجب عام 1427 الموافق لـ: 16 أوت 2006 المعدل والمتمم.
حدد عدد المعاهد التي يتكون منها المركز الجامعي سوق أهراس واختصاصها كمايلي:
معهـد العلوم والتكنولوجيا
معهـد العلوم القانونية والإدارية
معهـد الآداب والغات
معهـد العلوم الاقتصادية والتجارية وعلوم التسيير
معهـد علوم الطبيعة والحياة.
وحددت عدد الكليات والمعاهد التي تتكون منها جامعة محمد الشريف مساعدية سوق أهراس كمايــلي: