تعرض القطاع التعليمي للانهيار بعد انهيار الحكومة المركزية الصومالية عام 1991، ما تسبب في هجرة المثقفين الصوماليين من البلاد.[7]
بعد مرور سنين على الحرب الأهلية سعى مثقفون صوماليون إلى إنشاء تعليم أهلي لتلبية الحاجات المجتمعية، وأعقب ذلك انتشار المدارس الابتدائية والإعدادية، ثم الجامعات، وكان من تلك الجهود تأسيس جامعة كيسمايو في مدينة كيسمايو الساحلية لتكون أول جامعة تُنشأ في ولاية جوبالاند جنوب الصومال في أغسطس عام 2005.[8]
وأنشأت الكليات منذ ذلك الوقت أكثر من 20 كلية وبرامج تعليمية في التعليم العالي.[9][10]
