تأسست جامعة كومينيوس عام 1919 بمساعدة من جامعة كارلوفا الأكثر رسوخًا، كان من المفترض أن تحل محل جامعة إليزابيث السابقة التي كانت تقع في براتيسلافا منذ عام 1912 حيث تم حل الأخيرة بالقوة في عام 1919 من قبل صموئيل زوش، المفوض زوبان من سلوفاكيا، بعد أن رفض الأساتذة المجريون أداء قسم الولاء في ذلك الوقت في الأول، وقد تسبب هذا في لجوء غالبية أساتذة الجامعة (وبعض الطلاب) إلى بودابست، حيث أعيد تأسيس جامعة إليزابيث.
في عام 1937، تم افتتاح مبنى جامعي جديد لكليتي القانون والفلسفة في وسط براتيسلافا. يشتمل المبنى على قاعة كبيرة المستخدمة لحفلات التخرج وغيرها من المناسبات الرسمية.[4]
تم تغيير اسم الجامعة إلى الجامعة السلوفاكية في عام 1939، على الرغم من إعادة الاسم الأصلي في عام 1954.
افتتحت كلية العلوم في عام 1940 وأنشئت كلية اللاهوت الكاثوليكية الرومانية في عام 1941.
وعادت الحرية الأكاديمية بعد نهاية الحرب في عام 1945 ولكنها كانت كذلك، ألغيت مرة أخرى في عام 1948 عندما استولى الشيوعيون على السلطة في تشيكوسلوفاكيا، وفرضوا أيديولوجية الماركسية اللينينية في الجامعات التشيكوسلوفاكية.
أصبحت كلية اللاهوت الكاثوليكية تحت السيطرة المباشرة لوزارة التربية والتعليم، ومع ذلك، استمرت الجامعة في النمو، وتم إنشاء كليات جديدة (في الغالب عن طريق تقسيم الكليات الموجودة):
كلية التربية عام 1946.
كلية الصيدلة عام 1952.
كلية التربية البدنية والرياضة عام 1960.
كلية الطب بمارتن عام 1969.
كلية الرياضيات والفيزياء عام 1980.
بعد الثورة المخملية في عام 1989، أنشأت الجامعة حكمًا ذاتيًا ديمقراطيًا، وألغيت الدورات الإلزامية حول الأيديولوجية الماركسية.
أدى تحول سلوفاكيا إلى اقتصاد السوق إلى خلق حاجة للمهنيين في العلوم الإدارية والمالية، ونتيجة لذلك، أنشأت الجامعة كلية الإدارة (1991) وكلية العلوم الاجتماعية والاقتصادية (2002).
مبنى كلية الرياضيات والفيزياء والمعلوماتية ، يقع في الجزء الغربي من براتيسلافا
في عام 2000، تم تنفيذ نظام تحويل الرصيد الأوروبي لتحسين تنقل الطلاب وتسهيل المزيد من العلاقات مع الجامعات الأوروبية الأخرى.
