تعد جامعة بافيا واحدة من أقدم جامعات أوروبا؛ إذ يدل مرسوم ملكي أصدره ملك إيطاليا الفرنجيلوثر الأول (الذي حكم بين عامي 818 و855 ميلادية) على أن مؤسسة للتعليم العالي وجدت في بافيا منذ سنة 825 م. وقد كانت هذه المؤسسة مكرسة في الأساس لدراسة القانون الكنسي والمدني إلى جانب الإلهيات، وتربعت على رأس المراكز التعليمية المرموقة في شمال إيطاليا آنذاك. وقد نالت الجامعة الاعتراف بموجب مرسوم من الإمبراطور الروماني المقدس كارل الرابع (الذي حكم بين عامي 1355 و1378)، وعقب ذلك نمت الجامعة وقام بتجديدها دوق ميلانوجان غالياتسو فيسكونتي (الذي حكم بين عامي 1385 و1402)، لتكون الجامعة الوحيدة في دوقيته.
وفي سنة 1858 شهدت الجامعة احتجاجات طلابية عنيفة ضد الحكم النمساوي لشمال إيطاليا (الذي كان يتخذ من مملكة لومبارديا فينيشيا غطاء لذلك الحكم) إبان صعود موجة القومية الإيطالية التي عمت مظاهراتها أرجاء إيطاليا في الفترة التي سبقت توحيد إيطاليا (1859 ـ 1866)، وكان رد السلطات على هذه الاحتجاجات الطلابية هو غلق الجامعة مؤقتاً.
استفادت الجامعة على مدى تاريخها من وجود العديد من المثقفين والعلماء البارزين الذين وضعوا العديد من المؤلفات الهامة وحققوا العديد من الاكتشافات البارزة، ومن هؤلاء عالم الرياضياتغيرولامو كاردانو (ولد في بافيا، وعاش بين عامي 1501و1576)، والعالم الموسوعي روجر بوسكوفيتش (1711 ـ 1787)، وعالم الفيزياءأليساندرو فولتا (أستاذ كرسي الفيزياء الطبيعية في جامعة بافيا بين عامي 1769و1804)، والشاعر أوغو فوسكولو (أستاذ كرسي البلاغة الإيطالية عامي 1809و1810) والطبيب كاميلو غولجي (الذي عمل في جامعة بافيا منذ عام 1861).
