ينطلقُ آش كيتشام في مغامرة مع أصدقائه لإيقاف نهاية العالم. يحدث كسوف شمسي يوقظ لوغيا، وهو بوكيمون أسطوري قوي يُلقب بسيد البحار وَالذي يُعتبر الشخصية الرئيسية في الفيلم. كما تستيقظ أيضًا الطيور الأسطورية الثلاثة - أرتيكونو وَزابدوس وَمولتريس- بسبب الكسوف. يلتقي آش وَأصدقاؤه بـلوغيا وسطَ الفوضى وَيكتشفون أنه في مهمة لإعادة التوازن إلى العالم. يظهر بوكيمون يسافر عبر الزمن يُدعى سيليبي وَيحاول دعم لوغيا في مهمته. تخوضُ الطيور الأسطورية وَلوغيا معركة جبارة قد تدمّر الأرض. في النهاية، يتدخل آش ورفاقه وَيساعدون لوغيا في إيقاف الدمار. يسلط الفيلم الضوء على أهمية الصداقة وَالتعاون وَالفهم في مواجهة الشدائد.
^يعرف في اليابان باسم بوكيمون الفيلم: ولادة البوكيمون الأسطوري لوغيا (劇場版ポケットモンスター 幻のポケモン ルギア爆誕،Gekijōban Poketto Monsutā Maboroshi no Pokemon Rugia Bakutan؟)