أنديجان هي واحدة من أقدم المدن في وادي فرغانة. في بعض أجزاء من المدينة قد وجد علماء الآثار بعض الأشياء التي يعود تاريخها إلى القرن ال7 وال8. تاريخيا، كانت أنديجان مدينة مهمة على
طريق الحرير. المدينة ربما مشهورة جدا باسم مهد بابر حيث بها ولد والذي بعد سلسلة من النكسات، نجح أخيرا في إرساء الأساس لسلالة مغول الهند في شبه القارة الهندية وأصبح أول إمبراطور لمغول الهند، وفي أطراف هذه المدينة يقع ضريح قتيبة بن مسلم الباهلي.
المناخ
يظهر الجدول التالي التغييرات المناخية على مدار السنة لأنديجان: