A prefectura de Shkodër (en albanés Qarku i Shodrës) ye una d'as 12 prefecturas d'Albania. Ye composata por os districtos de Malësi e Madhe, Pukë y Shkodër. A capital d'a prefectura ye a ciudat de Shkodër.
A suya población ye de 250.351 habitants (2004, estimación) en una superficie de 3.562 km², con una densidat de población de 72,16 hab/km².