Die Fly ontspring in die Viktor Emmanuel-bergreeks in Sentraal-Nieu-Guinee, net suid van die Sepik se bron in die Westelike provinsie van Papoea-Nieu-Guinee. Aansluitend vloei dié rivier in 'n suidwestelike rigting en raak die grens tot Indonesië. Vanaf hier vloei die Fly in 'n suidoostelike rigting en mond by Daru in 'n wye delta in die Koraalsee uit.[1]
Die Fly se omgewing is gekenmerk deur moerasse, reënwoud en berge. Dié rivier se delta is in 1842 deur die Brit Francis P. Blackwood vir Europa ontdek en ná sy skip, die HMS Fly genoem.
