Namun jalur dan semua stasiun di lintas ini dinonaktifkan menyusul letusan Gunung Merapi pada tahun 1972 hingga 1974 yang menyebabkan banjir lahar dingin serta menyebabkan terputusnya Jembatan Krasak pada awal tahun 1975.[4][5] Berdasarkan keterangan resmi dari KAI, jalur ini ditutup pada 5 Maret 1975 menyusul insiden banjir lahar tersebut.[6]