Perkembangan sejarah Sekolah Tinggi Agama Islam Masjid Syuhada Yogyakarta tidak dapat dilepaskan dari sejarah perjuangan pejuang Indonesia melawan tentara pendudukan Jepang. Masjid Syuhada dibangun di atas wakaf dari Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat, peletakan batu pertama pembangunan masjid dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX. Presiden Soekarno bahkan memberikan sambutan khusus atas pembangunan masjid ini, tokoh penting Nasional Muhammad Natsir pernah menjadi Khatib di masjid ini, sementara Muhammad Hatta (Bung Hatta) pernah menyempatkan memberikan kuliah di sini sepulang dari tanah suci. Tanggal 20 September 1952 dijadikan tanggal kelahiran (milad) Masjid Syuhada.
Peristiwa penting yang dapat dijadikan sebagai milestone (tonggak sejarah) perkembangan STAI Masjid Syuhada Yogyakarta dapat dijelaskan sebagai berikut :
Pada pertengahan tahun 1940, masyarakat Yogyakarta dengan tegas menolak pendudukan tentara Jepang di Yogyakarta, khususnya dan di Indonesia pada umumnya, dengan semangat keimanan dan patriotisme mereka melawan penjajahan Jepang. Perlawanan dalam bidang pendidikan dan dakwah, adalah dibentuknya kelompok masyarakat untuk menyadarkan dan mengobarkan semangat patriotisme.
Perkembangan selanjutnya adalah sebagian dari kelompok masyarakat tersebut mendirikan Universitas Rakyat Pendidikan Tinggi Masjid Syuhada (UNRA PTMS) pada tahun 1961, yang pada masa itu adalah era kejayaan Partai Komunis Indonesia (PKI). Kegiatan utamanya adalah mencegah penyebaran faham komunis pada masyarakat Yogyakarta melalui kuliah subuh di Masjid Syuhada Yogyakarta.
Pada tahun 1968, keberadaan UNRA PTMS semakin dirasakan manfaatnya oleh masyarakat Yogyakarta. Oleh karena itu UNRA PTMS harus lebih diformalkan eksistensinya. Upaya untuk menjadikan UNRA PTMS sebagai lembaga yang lebih formal direalisasikan dengan mengubah nama menjadi Institut Dakwah Masjid Syuhada (IDMS) pada tahun 1968. IDMS mengalami kemajuan yang signifikan, tidak hanya menyelenggarakan kuliah subuh saja, tetapi juga kuliah formal sebagaimana kuliah pada perguruan tinggi pada umumnya.
Kebutuhan akan dakwah di masyarakat Yogyakarta semakin hari diperlukan semakin banyak kader dakwah.Sebagai respon atas masalah ini,maka pada tahun 1988 (dua puluh tahun kemudia) nama IDMS diganti dengan Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah Masjid Syuhada(STIDMS) Yogyakarta.dan mendapat status TERDAFTAR sesuai dengan SK Menteri AgamaRI No. 219, tanggal1 Desember1988 dengan program Strata Satu ( S1).
Sehubungan dengan adanya regulasi dari pemerintah maka STIDMS menyesuaikan dengan regulasi tersebut. Pada tahun 1997 maka STIDMS berubah namanya dengan STAI Masjid Syuhada (Sekolah Tinggi Agama Islam Masjid Syuhada) Yogyakarta.
https://www.staimsyk.ac.id
