Meskipun direncanakan secara hati-hati, rencana Bojinka berantakan setelah kebakaran kimia terendus Kepolisian Nasional Filipina - Distrik Polisi Barat pada 6-7 Januari 1995. Yousef dan Mohammed tak dapat menjalankan tiga serangan tersebut. Hanya korban yang diakibatkan dari bom tes yang ditanam oleh Yousef di Philippine Airlines Penerbangan 434 yang menewaskan satu orang dan melukai 10 orang lainnya. Mereka juga berencana menanam dua bom lainnya di sebuah mal Filipina dan teater.