Ondřej Trojan (pelafalan Ceko: [ˈondr̝ɛj ˈtrojan]) (kelahiran 31 Desember 1959) adalah seorang produser film, pemeran dan sutradara Ceko. Dua film yang ia produksi dinominasikan pada Academy Award untuk Film Berbahasa Asing Terbaik: Divided We Fall (2000) dan Želary (2003), yang juga ia sutradarai. Ia adalah saudara dari Ivan Trojan.
