Berbagai keberatan terhadap evolusi telah dicetuskan berulang-ulang sejak munculnya pemikiran-pemikiran evolusi pada awal abad ke-19.^[1] Pemikiran-pemikiran bahwa hukum-hukum alam mengontrol perkembangan alam dan perkembangan masyarakat mendapatkan dukungan yang luas dengan terbitnya buku The Constitution of Man pada tahun 1828 oleh George Combe dan Vestiges of the Natural History of Creation pada tahun 1844 oleh seorang penulis anonim.^[2] Ketika Charles Darwin menerbitkan buku On the Origin of Species pada tahun 1859, ia secara perlahan-lahan meyakinkan komunitas ilmiah bahwa evolusi merupakan hipotesis yang valid dan secara empiris dibenarkan. Pada tahun 1930-an dan 1940-an, para ilmuwan berhasil mengembangkan sintesis evolusi modern yang mengkombinasikan teori seleksi alam Darwin dengan genetika populasi.^[2] Sejak periode ini, keberadaan proses-proses evolusi dan kemampuan sintesis evolusi modern untuk menjelaskan bagaimana dan mengapa proses-proses ini muncul menjadi tidak kontroversial lagi di kalangan biologiawan.^[3]

Setelah perkembangan sintesis modern, hampir semua kritik-kritik terhadap evolusi datang dari sumber-sumber religius dan bukannya berasal dari komunitas ilmiah itu sendiri.^[4] Namun, banyak pula umat kristen yang percaya pada Tuhan sebagai Sang Pencipta tidak melihat evolusi sebagai pemikiran yang bertolak dengan kepercayaan mereka dan mereka menerima teori dan proses evolusi.^[5]

Berbeda dengan berbagai keberatan awal yang diajukan terhadap evolusi, di mana terdapat perbedaan yang jelas antara keberatan yang diajukan secara ilmiah dengan keberatan yang diajukan secara religi, akhir-akhir ini terdapat usaha-usaha untuk mengaburkan perbedaan ini. Terutama oleh gerakan sains kreasi dan perancangan cerdas yang menyerang dasar-dasar empiris ilmu pengetahuan dan berargumen bahwa terdapat banyak bukti-bukti ilmiah yang lebih banyak yang membuktikan perancangan kehidupan oleh makhluk cerdas. Kebanyakan argumen yang menentang evolusi meliputi argumen terhadap bukti-bukti evolusi, metodologi evolusi, kemasukakalan evolusi, moralitas evolusi, dan penerimaan biologi evolusi di kalangan ilmuwan. Walaupun begitu, para ilmuwan dan komunitas ilmiah menolak keberatan-keberatan yang diajukan tersebut sebagai sesuatu yang tidak memiliki kesahihan, oleh karena argumen tersebut didasarkan pada kesalahpahaman pada konsep teori ilmiah dan penafsiran yang salah pada hukum-hukum fisika dasar.^[6]

Salah satu sumber utama kerancuan dan ambiguitas pada debat kreasi-evolusi adalah definisi evolusi itu sendiri. Pada konteks biologi, evolusi adalah perubahan genetika dalam suatu populasi organisme dari generasi yang satu ke generasi yang lain. Namun, kata evolusi memiliki pengertian-pengertian yang berbeda pada bidang-bidang yang berbeda pula. Kata evolusi itu sendiri bahkan bisa merujuk pada evolusi metafisika, evolusi spiritual, maupun berbagai filosofi evolusi yang ada. Ketika evolusi biologis dicampuradukkan dengan proses evolusi lainnya, ia akan menyebabkan kesesatan di mana seseorang mengklaim bahwa teori evolusi modern menjelaskan sesuatu mengenai abiogenesis ataupun Big Bang.^[7]

Pada konteks pengertian sehari-hari, evolusi dapat merujuk pada perkembangan progresif apapun, dan sering kali ia juga memiliki pengertian perkembangan perlahan menuju yang lebih baik. Dalam hal ini evolusi dipahami sebagai sebuah proses yang akan mengakibatkan peningkatan kompleksitas dan kualitas. Definisi umum ini sering mengakibatkan kesalahpahaman ketika diterapkan pada evolusi biologis. Sebagai contoh, pemikiran devolusi (evolusi yang "terbalik") merupakan akibat dari kesalahpahaman yang berasumsi bahwa evolusi memiliki arah dan tujuan. Kenyataannya, evolusi organisme tidak memiliki "tujuan" apapun terkecuali meningkatkan kemampuan organisme untuk bertahan hidup dan bereproduksi, dan kemampuan tersebut bergantung pada lingkungan makhluk tersebut. Pada biologiwan tidak menganggap spesies apapun, seperti manusia, memiliki derajat yang lebih "tinggi" dari spesies apapun. Manusia memiliki kecenderungan mengevaluasi organisme-organisme lainnya sesuai dengan standar antroposentris kita sendiri daripada standar yang lebih objektif, sehingga kita percaya bahwa kita berderajat "lebih tingggi" daripada makhluk lainnya.^[8]

Evolusi itu sendiri juga tidak memerlukan suatu organisme untuk menjadi lebih kompleks. Walaupun melalui garis waktu evolusi dapat terlihat suatu tren evolusi menuju kompleksitas, terdapat pertanyaan apakah pemantauan pada tren tersebut adalah benar adanya ataupun ia hanyalah akibat dari pengabaian fakta bahwa mayoritas kehidupan di Bumi ini selalu merupakan prokariota.^[9] Kompleksitas bukanlah konsekuensi dari evolusi, sama halnya keberadaan Mars bukanlah konsekuensi dari gravitasi, tetapi, kompleksitas adalah konsekuensi dari keadaan-keadaan spesifik evolusi pada Bumi, yang sering kali membuat kompleksitas lebih menguntungkan, sehingga ia terseleksi secara alami. Bergantung pada situasi, komplesitas suatu organisme dapat baik meningkat, menurun, ataupun tetap. Dan sebenarnya pula, ketiga tren ini telah terpantau pada evolusi, bahkan penurunan kompleksitas sangatlah umum terjadi.^[8]

Sumber-sumber kreasionis sering kali mendefinisikan evolusi sesuai dengan pengertian sehari-hari, daripada sesuai dengan pengertian ilmiah. Sebagai akibatnya, usaha-usaha untuk membantah evolusi pada kenyataannya hanyalah merupakan kesesatan orang-orangan (straw man), yakni kesesatan (fallacy) yang didasarkan pada misrepresentasi posisi pihak lawan. Argumen-argumen yang dikeluarkan oleh para kreasionis ini pada akhirnya tidak mengalamatkan biologi evolusi itu sendiri.^[7][10]

Banyak keberatan terhadap teori evolusi akhir-akhir ini berfokus pada argumen-argumen yang berusaha untuk mendiskreditkan ataupun membantah penerimaan evolusi secara ilmiah dengan tujuan menganjurkan ciptaanisme sebagai teori yang setara dengan, atau bahkan lebih baik dari, evolusi dalam menjelaskan keanekaragaman hayati. Sebagai contohnya, para kreasionis sering beragumen bahwa evolusi tidak pernah dibuktikan, tidak faktual, ataupun penuh kontroversi.

Para pengkritik evolusi sering kali menekankan bahwa evolusi "hanyalah sebuah teori", dengan tujuan menyiratkan bahwa evolusi itu sendiri belum terbukti, ataupun evolusi itu adalah opini dan bukan fakta ataupun bukti. Hal ini mencerminkan kesalahpahaman pada pengertian teori dalam konteks ilmiah: manakala pada percakapan sehari-hari teori adalah konjektur dan spekulasi, pada ilmu pengetahuan, teori adalah penjelasan ataupun model yang dapat membuat prediksi yang dapat diuji. Ketika evolusi dirujuk sebagai teori, ia merujuk pada penjelasan terhadap keanekaragaman spesies dan leluhur-leluhurnya. Contoh evolusi sebagai teori adalah sintesis modern seleksi alam Darwin dan pewarisan Mendel. Sebagaimana dengan teori ilmiah, sintesis modern terus-menerus diperdebatkan, diuji, dan diperbaiki oleh para ilmuwan. Terdapat konsensus yang sangat besar di kalangan ilmuwan bahwa sintesis evolusi modern merupakan satu-satunya model kuat yang dapat menjelaskan fakta-fakta mengenai evolusi.^[11]

Pada kritikus juga menyatakan bahwa evolusi bukanlah fakta. Dalam ilmu pengetahuan, sebuah fakta adalah pemantauan empiris yang telah diverifikasi; dalam konteks percakapan sehari-hari, fakta dapat merujuk pada apapun yang memiliki bukti yang sangat banyak. Sebagai contoh, dalam penggunaan sehari-hari, teori seperti "Bumi mengelilingi Matahari" dan "benda jatuh oleh karena gravitasi" dapat dirujuk sebagai "fakta", walaupun mereka sebenarnya hanyalah murni teoretis. Dari sudut pandang ilmiah, evolusi dapat disebut sebagai "fakta" sama seperti gravitasi adalah fakta sesuai dengan definisi ilmiah evolusi bahwa evolusi adalah proses perubahan genetika yang terpantau terjadi di suatu populasi dari waktu ke waktu. Menurut definisi sehari-hari pun, teori evolusi dapat juga disebut sebagai fakta, jika kita merujuk pada status teori evolusi sebagai teori yang sudah berkembang dengan baik. Sehingga, evolusi secara luas dianggap sebagai baik teori dan fakta oleh para ilmuwan.^[12][13][14]

Kerancuan yang sama juga terjadi pada keberatan bahwa evolusi "belum terbukti";^[15] pembuktian secara cermat hanyalah dimungkinkan dalam bidang matematika dan logika, dan tidak dimungkinkan dalam ilmu pengetahuan (di mana istilah yang tepat adalah "memvalidasi"). Dalam hal ini, adalah benar bahwa evolusi hanyalah disebut sebagai "teori" dan bukanlah "teorema". Kerancuan dapat terjadi apabila pengertian sehari-hari terhadap kata pembuktian (proof) disamaartikan dengan "bukti" (evidence). Perbedaan ini merupakan salah satu bagian penting dalam filosofi sains, karena ia berhubungan dengan ketiadaan kepastian absolut pada semua klaim empiris, dan bukan hanya pada evolusi.^[16]

Salah satu keberatan utama terhadap evolusi adalah argumen bahwa evolusi itu kontroversial dan diperdebatkan. Tidak seperti argumen-argumen kreasionis lainnya yang berusaha untuk menghapuskan pengajaran evolusi, argumen ini berusaha membuat klaim bahwa evolusi memiliki posisi yang lemah oleh karena terdapat kontroversi, sehingga pandangan alternatif lainnya haruslah dipaparkan juga kepada para murid, dan para murid haruslah diizinkan untuk mengevaluasi dan memilih pilihan sesuai dengan kepercayaan mereka.^[17] Seruan terhadap "keadilan" dan "demokrasi", serta pendekatan yang "seimbang" di mana pandangan yang saling bertolak belakang ini diberikan "waktu yang sama" didukung oleh mantan Presiden Amerika Serikat George W. Bush.^{[15] [18][19]}

Keberatan ini merupakan salah satu dasar dari kampanye "Ajarkan Kontroversi" (Teach the Controversy) yang diusahakan oleh Discovery Institute untuk mempromosikan pengajaran perancangan cerdas di sekolah umum. Usaha ini pada akhirnya merupakan salah satu bagian dari "wedge strategy" institut tersebut untuk secara perlahan meremehkan evolusi dan pada akhirnya "membalikkan pandangan materialisme yang mencekik dan menggantinya dengan sains yang sejalan dengan keyakinan Kristen dan teistik".^[20]

Para ilmuwan dan pengadilan Amerika Serikat telah menolak keberatan ini atas dasar bahwa ilmu pengetahuan tidak didasarkan pada popularitas (Argumentum ad populum), tetapi berdasarkan bukti. Konsensus ilmiah para biologiwanlah yang menentukan hal-hal apa saja yang dapat diterima secara ilmiah, dan bukanlah permasalahan opini. Walaupun evolusi adalah benar kontroversial di masyarakat, tetapi ia sepenuhnya tidak kontroversial di kalangan ilmuwan dan orang yang ahli di bidang tersebut.^[21]

Sebagai respon, para kreasionis kemudian memperselisihkan tingkat dukungan evolusi di kalangan ilmuwan. Discovery Institute telah mengumpulkan sekitar 600 ilmuwan sejak tahun 2001 untuk menandatangani petisi "A Scientific Dissent From Darwinism" (Ketidaksepakatan ilmiah dari Darwinisme) untuk menunjukkan bahwa terdapat sejumlah ilmuwan yang meragukan apa yang mereka rujuk sebagai "evolusi Darwin". Pernyataan petisi ini tidak secara jelas menyatakan ketidakpercayaan pada evolusi, melainkan skeptisisme kemampuan "mutasi acak dan seleksi alam untuk bertanggung jawab terhadap kompleksitas kehidupan." Beberapa petisi tandingan telah dilancarkan sebagai balasannya, di antaranya petisi yang dibuat oleh gerakan "A Scientific Support for Darwinism" (Dukungan ilmiah untuk Darwinisme) yang berhasil mengumpulkan 7.000 petisi dalam empat hari.

Selama satu abad, para kreasionis terus beragumen bahwa evolusi merupakan "teori dalam krisis" yang dalam waktu dekat akan runtuh. Hal ini didasarkan pada beragam keberatan terhadap evolusi, termasuk pula ketidaksahihan bukti evolusi ataupun evolusi melanggar hukum alam. Keberatan-keberatan seperti ini telah lama ditolak oleh banyak ilmuwan, termasuk pula klaim bahwa teori perancangan cerdas dan penjelasan-penjelasan ciptaanisme lainnya memenuhi standar dasar ilmiah yang diperlukan untuk menjadi teori ilmiah "alternatif" terhadap evolusi. Selain itu, bahkan jika terdapat bukti-bukti yang membantah evolusi, adalah salah untuk menganggap bahwa ia merupakan bukti yang mendukung perancangan cerdas.^[19][22]

Keberatan para neo-kreasionis terhadap evolusi yang umum adalah bahwa evolusi tidak mematuhi standar-standar ilmiah yang biasa, yang berarti bahwa ia tidaklah benar-benar ilmiah. Mereka berargumen bahwa biologi evolusioner tidak mengikuti metode ilmiah, sehingga tidak seharusnya diajarkan di kelas-kelas IPA, ataupun jika diajarkan, paling tidak harus dipaparkan bersama dengan pandangan lainnya (ciptaanisme). Keberatan ini sering kali berkutat pada sifat-sifat teori evolusioner dan metode ilmiah yang dipakai.

Para kreasionis umumnya beragumen bahwa "evolusi adalah agama; ia bukanlah sains".^[23] Tujuan kritik ini adalah untuk meremehkan klaim biologiwan dalam perdebatan dengan para pendukung ciptaanisme maupun membuat situasi di mana perdebatan antara evolusi (sains) dengan ciptaanisme (agama) diputarbalikkan menjadi perdebatan antara dua kepercayaan yang berbeda. Kadang kala, argumen ini bahkan digunakan untuk mengklaim bahwa evolusi bersifat religius, manakala beberapa bentuk ciptaanisme (biasanya perancangan cerdas) bukanlah demikian.^[24][25] Orang-orang yang menentang evolusi biasanya merujuk para pendukung evolusi sebagai "Evolusionis" ataupun "Darwinis".^[23]

Argumen bahwa evolusi merupakan agama umumnya menggunakan argumen dengan analogi: bahwa evolusi dan agama memiliki satu ataupun lebih hal yang sama, oleh karena itu, evolusi adalah agama. Contoh-contoh klaim persamaan antara evolusi dan agama adalah kepercayaan, yakni bahwa para pendukung evolusi memuja-muja Darwin sebagai seorang nabi, dan para pendukung evolusi secara dogmatis menolak penjelasan alternatif lainnya.^[15][26] Klaim-klaim seperti ini menjadi populer dalam beberapa tahun ini di saat para neokreasionis berusaha menjaga jarak dengan agama.^[21]

Sebagai respon, para pendukung evolusi berargumen bahwa tiada satupun klaim-klaim yang dibuat oleh ilmuwan, termasuk pula Darwin, yang diperlakukan sebagai sesuatu yang suci ataupun keramat. Hal ini dapat dilihat pada beberapa aspek teori Darwin yang telah ditolak ataupun direvisi oleh berbagai ilmuwan selama bertahun-tahun.^[27][28] Klaim bahwa evolusi bergantung pada kepercayaan, sering kali didasarkan pada pemikiran bahwa evolusi tidak pernah terpantau. Klaim seperti ini telah ditolak, karena evolusi memiliki bukti-bukti yang kuat, sehingga tidak diperlukan kepercayaan.

Secara umum, argumen bahwa evolusi bersifat relijius telah ditolak dengan dasar bahwa agama tidak ditentukan berdasarkan sifat-sifat pengikutnya yang dogmatis, berpemikiran tertutup ataupun fanatik, tetapi berdasarkan kepercayaan spiritual ataupun kepercayaan supernatural agama tersebut.

Terdapat pula klaim yang berkaitan yang menyatakan bahwa evolusi bersifat ateis. Kreasionis kadang-kadang menyatukan kedua klaim tersebut dan menjelaskan evolusi sebagai "agama ateis".^[25] Argumen menentang evolusi ini juga sering digeneralisasi menjadi kritik terhadap keseluruhan sains; mereka berargumen bahwa "sains adalah agama ateis" dengan dasar bahwa naturalisme metodologis sains tidaklah terbukti, sehingga merupakan sesuatu yang didasarkan pada kepercayaan, sama halnya dengan kepercayaan ciptaanisme para teis.^[29]

Suatu pernyataan dianggap dapat difalsifikasi jika terdapat sebuah pemantauan ataupun sebuah pengujian yang dapat menunjukkan bahwa pernyataan tersebut salah. Evolusi dianggap dapat difalsifikasi karena ia membuat banyak prediksi yang apabila berkontradiksi dengan bukti-bukti yang ada, akan memfalsifikasi evolusi. Sebaliknya, banyak kepercayaan-kepercayaan keagamaan yang tidak dapat difalsifikasi, karena ketiadaan prediksi yang dapat diuji.^[30]

Banyak kreasionis (sebagai contoh Henry M. Morris^[31]) mengklaim bahwa evolusi tidak dapat difalsifikasi. Mereka berargumen bahwa tiap-tiap fakta dapat dicocokkan ke dalam kerangka evolusi, sehingga adalah tidak mungkin untuk menunjukkan bahwa evolusi adalah salah.^[32] Sebenarnya, evolusi tidaklah tidak dapat difalsifikasi, tetapi ia tampaknya demikian oleh sebab ia telah secara luas dikonfirmasi dan mendasar, sedemikian rupanya kemungkinan adanya bukti-bukti apapun yang membantah teori evolusi secara keseluruhan (bandingkan dengan bukti yang memperbaiki teori evolusi) menjadi sangat tidak mungkin dan sulit ditemukan.

Klaim-klaim lainnya menyatakan bahwa kejadian spesiasi pada masa lalu tidak terpantau dan tidak dapat diulangi, sehingga evolusi tidak dapat difalsifikasi. Pada tahun 1976, Popper sendiri mengatakan bahwa "Darwinisme bukanlah teori ilmiah yang dapat diuji, tetapi merupakan program riset metafisika".^[33] Namun, Popper kemudian menarik kembali ucapannya dan menyatakan ulang pandangannya:

However, Darwin's own most important contribution to the theory of evolution, his theory of natural selection, is difficult to test. There are some tests, even some experimental tests; and in some cases, such as the famous phenomenon known as 'industrial melanism', we can observe natural selection happening under our very eyes, as it were. Nevertheless, really severe tests of the theory of natural selection are hard to come by, much more so than tests of otherwise comparable theories in physics or chemistry.^[34][35]

Namun, kontribusi Darwin yang paling penting terhadap teori evolusi, teori seleksi alamnya, sulit diuji. Terdapat beberapa pengujian, bahkan beberapa pengujian eksperimental; dan pada beberapa kasus, seperti fenomena terkenal yang dikenal sebagai 'melanisme industri', dapat kita pantau terjadi dengan mata kita sendiri, sebagaimana ia seharusnya terjadi. Walaupun demikian, pengujian-pengujian terhadap teori seleksi alam yang benar-benar serius sangatlah sulit dilakukan, lebih sulit daripada pengujian-pengujian teori fisika dan kimia yang dapat dibandingkan.^[34][35]

Bukti paling langsung bahwa teori evolusi dapat difalsifikasikan berasal dari kata-kata Charles Darwin sendiri yang pada Bab ke-6 buku "On the Origin of Species..." tertulis:[1]

If it could be demonstrated that any complex organ existed, which could not possibly have been formed by numerous, successive, slight modifications, my theory would absolutely break down.

Jika dapat ditunjukkan bahwa adanya organ kompleks, yang tidak mungkin dapat dibentuk melalui modifikasi yang berulang, suksesif, dan perlahan-lahan, teori saya akan sepenuhnya runtuh.

Sebagai respon terhadap kritik bahwa teori evolusi tidak dapat difalsifikasi, beberapa contoh cara-cara yang berpotensi memfalsifikasi evolusi telah diajukan. J.B.S. Haldane, ketika ditanyakan bukti hipotetis apa yang dapat membantah evolusi, menjawab "fosil kelinci yang berasal dari masa Prakambrium".^[36][37] Beberapa cara-cara lainnya untuk memfalsifikasi teori evolusi juga telah diajukan.^[16] Sebagai contoh, fakta bahwa manusia memiliki satu pasang jumlah kromosom yang lebih sedikit daripada hewan hominid lainnya, menawarkan suatu hipotesis yang dapat diuji, yang melibatkan fusi ataupun pemisahan kromosom yang berasal dari nenek moyang bersama. Hipotesis fusi ini dikonfirmasi pada tahun 2005 dengan penemuan bahwa kromosom 2 manusia adalah berhomologi dengan fusi dua kromosom yang masih tetap terpisah pada hewan primata lainnya. Selain itu, adanya keberadaan telomer dan sentromer yang tak aktif pada kromosom 2 manusia sebagai akibat terjadinya fusi juga merupakan bukti tambahan.^[38] Pernyataan bahwa adanya nenek moyang bersama juga dapat diuji dengan analisis DNA. Jika pernyataan tersebut adalah benar, DNA manusia haruslah jauh lebih mirip dengan simpanse dan hewan primata lainnya daripada dengan hewan mamalia lainnya. Jika ia tidaklah demikian, maka keberadaan nenek moyang bersama telah difalsifikasi. Analisis DNA menunjukkan bahwa manusia dan simpanse memiliki persentase kemiripan DNA yang sangat besar (antara 95% sampai dengan 99,4% bergantung pada pengukuran).^[39] Selain itu, evolusi simpanse dan manusia yang diteorikan berasal dari nenek moyang yang sama juga memprediksikan bahwa adanya nenek moyang bersama yang paling awal (recent common ancestor). Berbagai fosil transisi pula telah ditemukan.^[40] Sehingga, evolusi manusia telah lulus berbagai pengujian falsifikasi.

Klaim terkait, yang juga pernah digunakan namun pada akhirnya ditinggalkan oleh Popper, adalah bahwa seleksi alam bersifat tautologis.^[34] Secara spesifik, ia berargumen bahwa frasa "sintasan yang terbugar" (survival of the fittest) merupakan sebuah tautologi, dalam pengertian kebugaran didefinisikan sebagai kemampuan bereproduksi dan bertahan hidup. Walaupun demikian, definisi yang pertama kali digunakan oleh Herbert Spencer pada tahun 1864 ini jarang digunakan oleh para biologiwan. Selain itu, kebugaran lebih akurat didefinisikan sebagai keadaan kepemilikan sifat-sifat yang membuat keberlangsungan hidup lebih memungkinkan; definisi ini, berbeda dengan arti "kemampuan bertahan hidup", menghindari definisi yang secara trivial benar.^[41][42][43]

Berbagai keberatan terhadap bukti-bukti evolusi cenderung memiliki argumen yang lebih konkret dan spesifik, sering kali melibatkan analisis langsung metode-metode dan klaim-klaim biologi evolusi.

Klaim kreasionis yang sering disebutkan adalah bahwa evolusi tidak pernah terpantau.^[44] Perdebatan mengenai pemantauan evolusi ini sering kali berujung pada perdebatan bagaimana evolusi didefinisikan. Dengan menggunakan definisi biologi mengenai evolusi, adalah hal yang sangat mudah untuk memantau terjadinya evolusi. Proses evolusi dalam bentuk perubahan komposisi genetika dalam suatu populasi dari waktu ke waktu telah terpantau berkali-kali, meliputi evolusi lalat buah dan bakteria yang terjadi di laboratorium, dan evolusi tilapia yang terjadi di alam bebas.

Sebagai respon terhadap jawaban tersebut, banyak kreasionis kemudian menyatakan bahwa mereka hanya keberatan terhadap makroevolusi dan bukannya mikroevolusi:^[45][46] kebanyakan organisasi kreasionis tidak mempertentangkan terjadinya perubahan evolusioner yang secara relatif kecil dalam jangka waktu yang pendek, misalnya seperti yang terlihat pada pembiakan anjing. Daripada mempertentangkan mikroevolusi, para kreasionis mempertentangkan terjadinya perubahan evolusioner yang besar dan dalam waktu yang lama, yang menurut definisi tidak dapat secara langsung terpantau, melainkan hanya dapat ditarik kesimpulannya dari proses-proses mikroevolusi.

Namun, sesuai dengan apa yang para biologiawan definisikan sebagai makroevolusi, baik mikroevolusi dan makroevolusi terlah terpantau. Spesiasi, sebagai contohnya, telah terpantau secara langsung berkali-kali, walaupun terdapat miskonsepsi yang menyatakan sebaliknya.^[47] Selain itu, sintesis evolusi modern sebenarnya tidak membedakan makroevolusi dengan mikroevolusi secara jelas, karena makroevolusi hanyalah proses mikroevolusi dalam skala yang lebih besar.^[16][48]

Selain itu, makroevolusi yang telah terjadi dapat dilacak dari peninggalan-peninggalan sejarah. Fosil transisi dapat menghubungkan beberapa organisme dalam kelompok yang berbeda, seperti misalnya Archaeopteryx yang menghubungkan unggas dan dinosaurus,^[49] ataupun Tiktaalik yang menghubungkan ikan dengan amfibi.^[50] Para kreasionis mempertentangkan contoh-contoh seperti itu dengan berbagai cara, dari berbersikeras bahwa fosil tersebut palsu ataupun secara ekslusif termasuk pada salah satu kelompok organisme dan bukannya transisi dua kelompok organisme, sampai dengan berbersikeras bahwa diperlukan lebih banyak bukti-bukti fosil transisi yang lebih banyak lagi.^[51] Darwin sendiri menemukan kekurangan spesies transisi sebagai salah satu kelemahan terbesar teorinya: "Why is not every geological formation and every stratum full of such intermediate links? Geology assuredly does not reveal any such finely graduated organic chain, and this perhaps is the greatest objection which can be urged against my theory."^[52] Namun, jumlah fosil transisi yang berhasil ditemukan telah meningkat secara dramatis sejak saat itu, dan permasalahan pada spesies transisi secara garis besar telah diselesaikan dengan teori kesetimbangan bersela. Teori ini memprediksikan adanya catatan fosil yang stabil dan kadang-kadang diikuti dengan spesiasi secara besar-besar.^[53]

Kreasionis membalas bahwa bahkan adanya pemantauan terhadap spesiasi dan fosil-fosil transisi bukanlah bukti yang cukup untuk menjelaskan perubahan yang besar.^[54] Dengan semakin banyaknya bukti-bukti langsung evolusi antar spesies dan dalam spesies yang berhasil dikumpulkan, para kreasionis kemudian mendefinisikan ulang pemaham mereka mengenai apa yang mereka sebut sebagai "jenis kreasi" dan terus menerus menuntut adanya contoh-contoh evolusi yang lebih dramatis.^[55] Salah satu jenis keberatan yang diajukan adalah pertanyaan "Apakah anda ada di sana?" ("Were you there?"). Pertanyaan ini dipopulerkan oleh Ken Ham, dan berargumen bahwa karena tidak ada siapapun kecuali Tuhan yang dapat secara langsung mengamati kejadian-kejadian yang terjadi pada masa lalu, klaim-klaim ilmiah hanyalah spekulasi ataupun "cerita dongeng".^[56][57]

Pada bidang-bidang ilmu seperti astrofisika ataupun meteorologi, di mana pengamatan langsung ataupun percobaan laboratorium sulit atau bahkan tidak mungkin dilakukan, metode ilmiah bergantung pada pengamatan tidak langsung dan penerikan kesimpulan berdasarkan logika. Pada bidang seperti ini, uji falsifikasi dipenuhi ketika sebuah teori digunakan untuk memprediksi akibat dari suatu pengamatan baru. Ketika pengamatan baru tersebut berkontradiksi dengan prediksi teori tersebut, ia dapat direvisi ataupun diganti dengan teori alternatif yang dapat menjelaskan fakta terpantau dengan lebih baik. Sebagai contoh, teori gravitasi Newton digantikan oleh teori relativitas umum Einsten ketika teori Einstein tersebut dapat memprediksi orbit planet Merkuri dengan lebih baik.^[58]

Keberatan terkait yang sering diajukan adalah bahwa evolusi didasarkan pada bukti-bukti yang tidak dapat dipercayai. Keberatan ini mengklaim bahwa evolusi tidaklah dibuktikan dengan benar. Biasanya argumennya adalah bukti evolusi penuh kebohongan dan rekayasa, dan bukti-bukti evolusi sekarang kemungkinan besar juga akan dibantahkan karena bukti yang lalu juga telah dibantahkan. Argumen lainnya adalah bahwa jenis bukti evolusi tertentu tidaklah konsisten dan rancu.

Oleh karena itu, argumen yang mempertentangkan keabsahan evolusi sering didasarkan pada analisis sejarah pemikiran evolusi ataupun sejarah ilmu pengetahuan secara umum. Para kreasionis menujuk bahwa pada masa lalu, revolusi ilmiah telah meruntuhkan teori yang pada saat itu dianggap hampir pasti. Sehingga mereka mengklaim bahwa teori evolusi modern sangat mungkin menjalani revolusi seperti itu pada masa depan dengan dasar bahwa evolusi adalah "teori dalam krisis".^[59]

Para pengkritik evolusi umumnya menunjukkan bukti-bukti palsu ilmiah seperti manusia Piltdown dan berargumen bahwa karena para ilmuwan telah tertipu pada masa lalu mengenai bukti evolusi, beberapa ataupun semua bukti evolusi masa kini juga kemungkinan besar didasarkan para penipuan ataupun ketidakbenaran. Banyak bukti evolusi yang telah dituduh sebagai tipuan, meliputi Archaeopteryx, melanisme ngengat biston betularia, dan burung Finch Darwin. Klaim-klaim kebohongan bukti ini telah dibantah oleh para ilmuwan.^[60][61][62]

Selain itu, diklaim pula bahwa bukti-bukti tertentu evolusi yang sekarang ini dianggap tidak benar dan ketinggalan zaman, seperti gambar embrio abad ke-19 Ernst Haeckel, bukan hanya semata kesalahan melainkan juga usaha penipuan. Jonathan Wells mengkritik buku pelajaran biologi atas pemuatan gambar ini walaupun telah dibantah.^[61] Sebagai respon, National Center for Science Education menyatakan bahwa tiada satupun buku pelajaran yang ditinjau oleh Wells membuat klaim bahwa gambar Haeckel adalah benar, melainkan gambar tersebut ditampilkan dalam konteks sejarah untuk mendiskusikan kesalahan gambar tersebut.^[63]

Para kreasionis mengklaim bahwa evolusi bergantung pada jenis-jenis bukti evolusi tertentu yang tidak memberikan informasi yang dapat dipercayai mengenai masa lalu. Sebagai contohnya, mereka berargumen bahwa penanggalan radiometrik yang digunakan untuk mengukur usia materi tertentu didasarkan pada peluruhan radioaktif isotop tertentu yang tidak konsisten, sehingga hasilnya tidak dapat dipercayai. Mereka berargumen bahwa peluruhan radiometrik bergantung pada sejumlah asumsi yang tidak dapat dipastikan, seperti asumsi prinsip uniformitarianisme, asumsi laju peluruhan konsisten, ataupun asumsi bebatuan sebagai sistem tertutup. Argumen seperti ini telah ditolak oleh para ilmuwan karena berbagai metode independen telah mengkonfirmasi kebenaran penanggalan radiometrik secara keseluruhan. Selain itu, metode dan teknik penanggalan radiometrik yang berbeda-beda juga secara independen telah saling mengkonfirmasikan satu sama lainnya.^[64]

Bentuk keberatan lainnya adalah bahwa bukti fosil tidak dapat dipercayai. Hal ini didasarkan pada berbagai macam klaim, meliputi bahwa terdapat banyak "celah" pada catatan fosil,^[65][66] bahwa penanggalan fosil bersifat sirkuler, ataupun bahwa fosil tertentu seperti fosil polistrata tampaknya "tidak pada tempatnya".^[67] Diargumenkan pula bahwa beberapa bukti evolusi sebenarnya mendukung katastrofisme ciptaanisme (misalnya kejadian Banjir Besar), daripada model "kesetimbangan bersela" evolusi yang gradualistik.^[68]

Beberapa keberatan yang paling umum dan telah lama diajukan adalah mempertentangkan apakah evolusi benar-benar dapat menjelaskan semua kompleksitas dan keberaturan yang terlihat pada alam. Diargumenkan bahwa evolusi sangatlah tidak mungkin menjelaskan berbagai aspek kehidupan, sehingga haruslah ada seorang perancang cerdas, yaitu Tuhan, yang paling cocok untuk menjelaskannya.

Informasi lebih lanjut: Analogi tukang jam

Keberatan terhadap evolusi yang sangat sering diajukan adalah bahwa kehidupan sangatlah tidak mungkin muncul "secara kebetulan" mengingat kompleksitas dan keteraturan yang ada di alam. Diargumenkan bahwa kemungkinan kehidupan muncul tanpa seorang perancang cerdas yang mengaturnya sangatlah kecil, sedemikiannya tidaklah masuk akal untuk tidak menyimpulkan bahwa adalah soerang perancang yang merancang dunia ini, utamanya keanekaragaman hayati.^[70] Bentuk argumen yang lebih ekstrem adalah evolusi tidak dapat menciptakan struktur kompleks. Gagasan ketidakmasukakalan ini sering diekspresikan dengan kutipan "probabilitas kehidupan berasal bumi tidaklah lebih besar daripada kemungkinan sebuah angin topan yang menyerbu lahan pembuangan kendaraan akan berhasil merakit sebuah pesawat Boeing 747" (klaim yang dikenal sebagai kesesatan Hoyle^[71]).

Bentuk keberatan ini adalah argumen berdasarkan analogi. Gagasan dasar argumen ini adalah bahwa keberadaan Tuhan didasarkan pada keteraturan alam semesta. Seorang filsuf abad ke-18, William Paley, mengemukakan analogi tukang jam yang berargumen bahwa fenomena-fenomena alam tertentu beranalogi dengan sebuah jam yang teratur, kompleks, dan memiliki kegunaan. Hal ini berarti bahwa sama seperti jam yang memiliki perancang, alam semesta haruslah juga memiliki perancang. Argumen ini adalah inti teori perancangan cerdas, yang bertujuan memasukkan argumen-argumen perancangan sebagai bagian dari ilmu pengetahuan yang sah, daripada sebagai bagian dari ilmu filsafat dan teologi, sehingga ia dapat diajarkan bersamaan dengan evolusi.^[21]

Keberatan ini pada dasarnya merupakan bentuk argumentum ad ignorantiam (argumen dari ketidaktahuan), yakni kesesatan logika (fallacy) yang menganggap bahwa oleh karena penjelasan tertentu tampaknya berlawanan dengan intuisi, maka penjelasan alternatif lainnya yang lebih intuitif adalah lebih benar. Para pendukung evolusi umumnya merespon bahwa evolusi tidaklah didasarkan pada "kebetulan" belaka, tetapi didasarkan pada interaksi kimiawi yang dapat diprediksi. Interaksi ini merupakan proses alami yang tidak memerlukan "perancang". Walaupun proses ini mempunyai beberapa unsur keacakan, adalah seleksi tak acak yang mendorong evolusi sejalan dengan keteraturan. Fakta bahwa akibat proses ini teratur dan tampaknya "dirancang" bukanlah bukti keberadaan perancang supernatural sama halnya bentuk butiran kristal salju yang teratur bukanlah hasil perancangan melainkan merupakan akibat dari proses alami.^[72]

Perlu dicatat pula bahwa argumen yang menentang pernyataan kehidupan muncul "secara kebetulan" bukanlah keberatan yang ditujukan kepada evolusi, melainkan abiogenesis. Sebenarnya pula, banyak argumen yang menentang "evolusi" didasarkan pada miskonsepsi bahwa abiogenesis merupakan komponen ataupun prekursor dari evolusi. Sama halnya, keberatan ini juga kadang-kadang dihubung-hubungkan dengan Big Bang.^[7]

Seorang apologet kristen dan filsuf Alvin Plantinga yang mendukung teori perancangan cerdas memformulasikan ulang argumen ketidakmungkinan ini sebagai argumen evolusioner melawan naturalisme, yang menyatakan bahwa adalah tidak rasional untuk menolak keberadaan perancang cerdas dan supernatural karena kemungkinan kemampuan tertentu terbentuk sangatlah rendah. Utamanya, Palntinga mengklaim bahwa evolusi tidak dapat menjelaskan munculnya kemampuan berpikir yang dapat dipercayai. Plantinga berargumen bahwa manakala Tuhan diharapkan akan menciptakan makhluk yang memiliki kemampuan berpikir yang dapat dipercayai, evolusi hanyalah akan menciptakan kemampuan berpikir yang tidak dapat dipercayai. Hal ini berarti bahwa apabila evolusi itu benar, maka adalah tidak rasional untuk mempercayai pemikiran apa saja yang seseorang bergantung pada untuk menyimpulkan bahwa pemikiran tersebut benar.^[73] Sama seperti argumen ketermungkinan perancangan lainnya, argumen epistemologis ini telah lama dikritik. Diargumenkan bahwa apabila rasionalitas berguna bagi keberlangsungan hidup, maka ia akan lebih berkemungkinan diseleksi masuk daripada irasionalitas, membuat perkembangan alami kemampuan pemikiran kognitif yang dapat dipercaya lebih berkemungkinan muncul.^[74][75]