Sebagai bagian dari komunitas Kristen Santo Tomas, gereja ini menelusuri kembali asal-usulnya sampai kepada kegiatan evangelis Tomas sang Rasul pada abad ke-1.[1][3] Sebagai faksi independen, gereja ini berasal dari perpecahan besar pertama dalam komunitas Kristen Santo Tomas. Secara historis, umat Kristen Tomas telah bersatu dalam kepemimpinan dan liturgi, dan merupakan bagian dari Gereja Timur, yang berpusat di Persia. Namun, runtuhnya hierarki Gereja Timur di Asia menyebabkan provinsi India secara efektif terisolasi, dan selama abad ke-16, Portugis, yang baru didirikan di Goa, secara paksa menarik orang-orang Kristen Thomas ke dalam Gereja KatolikRitus Latin. Kebencian terhadap langkah-langkah ini menyebabkan mayoritas komunitas bergabung dengan diakon agung, Thoma, yang dalam sumpahnya menyatakan tidak akan pernah tunduk kepada Portugis dalam Sumpah Salib Koonan. Beberapa bulan kemudian, Thoma ditahbiskan sebagai Metropolitan Malankara penduduk asli yang pertama.
Setelah sumpah ini, pada tahun 1661 Paus Aleksander VII membentuk hierarki Ritus Suriah Timur yang baru dalam komuni dengan Roma untuk umat Kristen Santo Tomas; pada tahun berikutnya 84 dari 116 komunitas telah bergabung, membentuk apa yang sekarang menjadi Gereja Katolik Siro-Malabar. Tiga puluh dua komunitas sisanya tetap independen, dan menjalin hubungan dengan Gereja Ortodoks Siria.[4] Selama abad-abad berikutnya, hubungan ini semakin kuat, dan Gereja Malankara menerima varian Ritus Suriah Barat yang dikenal sebagai Ritus Malankara (dibandingkan dengan penggunaan Suriah Timur sebelumnya) dan masuk ke dalam komuni penuh dengan Patriark Antiokhia Ortodoks Siria. Namun, selama waktu ini gereja mengalami serangkaian perpecahan, yang mengakibatkan sejumlah besar pengikut melepaskan diri.
Pada tahun 1772 seorang uskup Ortodoks Siria menobatkan Kattumangatt Kurien (Mar Cyril) sebagai penggantinya melawan keinginan Metropolitan, Mar Dionysius I; Cyril memimpin sebuah faksi yang akhirnya menjadi Gereja Siria Independen Malabar.[5][6] Pada abad ke-19, gerakan reformasi yang diilhami oleh Abraham Malpan menyebabkan perkembangan Gereja Siria Mar Thoma independen dari yurisdiksi asing mana pun, sementara sisa gereja lainnya, yang bersifat menentang terhadap reformasi dan gerakan pembersihan, mejadi berada di bawah yurisdiksi langsung dari Patriark Ortodoks Suriah pada tahun 1876.[1]
Gregorios, Paulos; Roberson, Ronald G. (2008). "Syrian Orthodox Churches in India". Dalam Fahlbusch, Erwin; Lochman, Jan Milič; Mbiti, John; Pelikan, Jaroslav; Vischer, Lukas. The Encyclopedia of Christianity. 5. William B. Eerdmans Publishing. hlm. 285–286. ISBN0-8028-2417-X. Diakses tanggal March 29, 2010.
Hough, James (1893) "The History of Christianity in India".
T. K. Joseph (1955). Six St. Thomases Of South India. University of California.
Menachery, G (1973) The St. Thomas Christian Encyclopedia of India, Ed. George Menachery, B.N.K. Press, vol. 2, ISBN81-87132-06-X, Lib. Cong. Cat. Card. No. 73-905568 ; B.N.K. Press
Menachery, G (ed); (1998) "The Indian Church History Classics", Vol.I, The Nazranies, Ollur, 1998. ISBN81-87133-05-8
Menachery, G (2010) The St. Thomas Christian Encyclopedia of India, Ed. George Menachery, Ollur, vol. 3, ISBN81-87132-06-X, Lib. Cong. Cat. Card. No. 73-905568 ; 680306 India
Menachery, G (2012) "India's Christian Heritage" The Church History Association of India, Ed. Oberland Snaitang, George Menachery, Dharmaram College, Bangalore
Puthiakunnel, Thomas (1973) "Jewish colonies of India paved the way for St. Thomas", The Saint Thomas Christian Encyclopedia of India, ed. George Menachery, Vol. II., Trichur.