Setelah menjebak Phantom untuk sementara waktu di dunia bayangan, Kurumi dan pasukan kloningannya bersiap untuk berperang dengan DEM. Di saat yang sama, Westcott dan pasukannya menyadari bahwa Kurumi telah mengganggu rencana mereka untuk membunuh Shido, sehingga mereka bersiap untuk membunuhnya dan Shido pada saat yang bersamaan.

Sementara itu, Shido telah menceritakan semua yang dia pelajari dari Kurumi kepada para Spirit dan Ratatoskr. Sekutu Shido setuju bahwa, apa pun yang terjadi, mereka tidak bisa begitu saja menyerahkan kekuatan Spirit Shido karena mereka tidak tahu apakah Kurumi mampu mengalahkan Spirit of Origin dengan kekuatan itu. Mukuro menyarankan untuk menggunakan Michael untuk membuka ingatan Shido tentang Spirit of Origin, tetapi dia tidak dapat mengingat apa pun selain penglihatan kecil Phantom dan upaya itu menyebabkan dia pingsan. Ketika dia terbangun, dia dan Kotori setuju untuk tidak menggunakan Michael pada Mana, karena mereka khawatir dia akan mengingat trauma masa lalunya ketika dia bereksperimen dengan DEM, seperti yang terjadi pada Nia. Keesokan harinya, salah satu kloning Kurumi, yang bertindak secara independen dari tuannya, memberi tahu Shido dan Kotori bahwa DEM merencanakan serangan besar-besaran terhadap Ratatoskr. Akibatnya, Kotori menyarankan agar mereka menghadapi DEM secara langsung, sebuah rencana yang juga disetujui oleh Woodman, dan Nia menyarankan agar apa pun yang mereka rencanakan dirahasiakan, jangan sampai Westcott mengetahuinya melalui Beelzebub.

Para Spirit menyiapkan makanan ringan untuk Shido dan satu sama lain saat mereka mempersiapkan diri untuk pertempuran yang akan datang untuk DEM. Sebagai bentuk persiapan mental, mereka sengaja memasak makanan mereka dengan bahan-bahan yang tidak mereka sukai, sehingga mereka berjuang untuk memakan makanan mereka sendiri. Malam harinya, Tohka berbicara dengan Shido tentang perasaannya terhadap Kurumi dan dia mengakui bahwa dia merasa tidak aman dengan caranya menyelamatkan Kurumi. Jika mereka mencegahnya menghadapi Spirit of Origin, dia mungkin akan kehilangan satu-satunya kesempatan untuk menyelamatkan teman-temannya. Tohka mengakui bahwa ia merasa bersalah atas semua bahaya yang harus dihadapi Shido demi para Spirit dan mengakui bahwa ia merasa mungkin akan lebih baik jika mereka tidak pernah bertemu Shido sama sekali jika hal itu berarti menghindarkan Shido dari semua kesulitan tersebut. Namun, Shido mengatakan bahwa dia senang telah bertemu dengan para arwah dan menjadikan mereka bagian dari hidupnya.

Keesokan harinya, Ratatoskr berhadapan dengan armada DEM di langit di atas Kota Tengu, dengan penduduk yang berlindung di tempat penampungan bawah tanah setelah mendapat peringatan akan adanya gempa bumi. Untuk meningkatkan peluang kemenangan mereka, Kotori meminta agar para Spirit ikut serta dalam pertempuran, sementara Origami dan Mana menyimpulkan bahwa Realizer DEM telah diprogram untuk melakukan sinkronisasi dengan aktivitas otak Artemisia Ashcroft, salah satu penyihir terbaik DEM, sehingga jika mereka menangkapnya, mereka dapat menemukan cara untuk mematikannya. MARIA, AI “Fraxinus”, juga percaya bahwa Shido dapat menetralisir pasukan Nibelcolle, namun untuk itu, ia harus berada di garis depan, sebuah keputusan yang disetujui oleh Shido.

Saat pertempuran berlangsung, para Spirit menyebar ke medan perang, tepat ketika AST tiba dan diperintahkan oleh DEM untuk mendukung pasukan mereka. Yoshino dan Mukuro melindungi Kusakabe dan pasukannya yang akan terkena serangan senjata DEM, dan Kusakabe menyadari bahwa DEM berencana menggunakan mereka sebagai umpan meriam. AST membelot ke pihak Ratatoskr, menyenangkan Origami dan Mana.

Ellen dan Artemisia memasuki pertempuran dan Woodman ingin mencegat mereka, meskipun itu berarti membahayakan nyawanya sendiri. Dalam upaya untuk menghentikannya, Karen, asistennya, mengakui bahwa dia jatuh cinta padanya dan menyarankan agar mereka melarikan diri dari pertempuran dan memulai sebuah keluarga di tempat lain. Woodman dengan sopan menolaknya dan mengaktifkan unit Realizer pribadinya, yang membalikkan usianya dan membuatnya kembali menjadi dewasa, sehingga ia dapat bertarung melawan Ellen secara seimbang. Mukuro menggunakan Michael pada Artemisia dan membatalkan pencucian otaknya.

Tohka, Kaguya dan Yuzuru mengalihkan perhatian pasukan Nibelcolle cukup lama hingga Shido tiba di medan perang dan menjalankan rencana MARIA untuk menghentikan mereka. Dia mulai menunjukkan kasih sayang kepada para Nibelcolles, seperti meniupkan ciuman kepada mereka dan bahkan mencium mereka. Para Nibelcolles, yang diliputi emosi, berubah menjadi potongan-potongan kertas yang tidak berbahaya. MARIA berteori bahwa, karena mereka diciptakan dari emosi Nia, mereka harus berperilaku persis seperti orang normal.

30 tahun yang lalu, Spirit of Origin muncul di Kota Tenguu dan bertemu dengan Shinji Takamiya, yang kemudian membawanya ke rumahnya. Di sana, dia menjelaskan situasinya kepada saudara perempuannya, Mana, yang setuju untuk membiarkan Spirit tersebut tinggal, dan Shinji menamainya “Mio Takamiya”. Mio tidak memiliki ingatan tentang siapa dia atau dari mana asalnya, tetapi dia dengan cepat belajar bagaimana berkomunikasi dan keluarga Takamiya menerimanya sebagai bagian dari keluarga mereka.

Shinji dan Mio menghabiskan banyak waktu bersama dan saling jatuh cinta. Setelah memenangkan boneka beruang dalam permainan derek untuk Mio, Shinji mengumpulkan keberanian untuk mengajaknya berkencan dan Mio menerimanya meskipun dia tidak tahu apa itu kencan, jadi Mana menelepon temannya Haruko Homura (calon ibu Kotori) untuk meminta bantuan dalam mempersiapkan kencannya.

Rencana Mio untuk membangkitkan Shinji adalah dengan menyimpan Shinji yang belum lahir di dalam rahimnya dan mengubahnya menjadi Spirit, sama seperti dirinya. Namun, dia tahu bahwa tubuh manusia Shinji tidak akan mampu menangani kekuatan sebesar itu, jadi dia mulai mendistribusikan kekuatannya kepada para wanita yang nantinya akan menjadi Spirit, sehingga Shinji, yang nantinya akan terlahir kembali sebagai Shido, menyerap kekuatan itu dan menjadi seperti Mio.

Di masa sekarang, Kurumi tewas akibat luka-lukanya dan Mio mengambil Sephira dan mengembalikan ingatan Shido dari kehidupan masa lalunya, menegaskan bahwa Shinji dan Shido adalah orang yang sama. Di atas kapal Fraxinus, Reine mengungkapkan dirinya hanyalah bagian dari Mio, yang dikirim untuk mengamati kemajuan Shido dalam mengumpulkan kekuatan Spirit. Mio dan Reine bergabung menjadi satu orang, yang ingin Shido bergabung dengannya dalam keabadian bersama. Namun, Shido merasa ngeri ketika menyaksikan panjangnya perjalanan yang harus dilalui Mio untuk mencapai tujuannya, dan Tohka, Kaguya, dan Yuzuru berusaha membelanya, tetapi Mio memindahkannya ke tempat penampungan bawah tanah bersama dengan murid-murid lain di SMA Raizen untuk mencegahnya terluka.

Mio menggunakan Malaikatnya, Ain Soph Aur, untuk memperluas medan energi yang sangat besar yang menetralisir pasukan Nibelcolle dan melumpuhkan beberapa pejuang di kedua belah pihak, Mikie Okamine. Origami menyuruh Kusakabe untuk berlindung di dalam Fraxinus sementara para Spirit melanjutkan untuk membantu Shido. Sementara itu, Woodman mencoba untuk berunding dengan Ellen, yang masih marah karena Woodman mengkhianatinya dan Westcott dan membawa saudarinya, Karen, bersamanya. Woodman mengakui bahwa dia tidak pernah ingin menyakiti perasaan teman-temannya, tetapi setelah menyaksikan Spirit of Origin untuk pertama kalinya, dia menjadi tidak mampu menggunakannya untuk mencapai tujuan mereka, dan Karen dengan sukarela memilih untuk mengikutinya.

Dahulu kala, Westcott, Woodman, Ellen dan Karen tinggal bersama di sebuah desa terpencil yang dihuni oleh para penyihir. Saat ia masih kecil, ibu Isaac meninggal dunia, namun Isaac sendiri tidak merasakan kesedihan. Sebaliknya, ia justru merasa senang dan dengan demikian menyadari bahwa ia menikmati penderitaan orang lain dan bekerja sangat keras untuk menyembunyikan perasaan gelapnya. Desa penyihir dibakar habis oleh orang-orang yang takut akan kekuatan sihir, sehingga Isaac meyakinkan teman-temannya untuk bergabung dengannya untuk menciptakan dunia yang penuh dengan penyihir sebagai cara terbaik untuk membalaskan dendam komunitas mereka. Teman-teman Isaac setuju, Ellen dan Karen karena mereka ingin membalaskan dendam keluarga mereka dan Elliot karena dia berpikir bahwa masyarakat penyihir akan menjadi cara terbaik untuk melindungi diri mereka sendiri.

Keempat penyihir itu berlindung di panti asuhan kota, hingga Isaac diadopsi oleh pasangan kaya tiga tahun kemudian. Orang tua Isaac meninggal dalam sebuah kecelakaan, mungkin diatur oleh Isaac sendiri, yang akan mewarisi kekayaan mereka dan menggunakannya untuk mendanai penelitiannya tentang sihir. Dengan bantuan dari sesama penyihir, Isaac mengembangkan “Formula Roh”, sebuah persamaan mistik yang akan menciptakan entitas yang terdiri dari sihir murni yang akan memungkinkan penciptanya untuk menulis ulang hukum alam dunia dan memenuhi impian mereka untuk menciptakan dunia penyihir. Eksperimen mereka untuk menciptakan entitas semacam itu menyebabkan gempa spasial pertama dalam sejarah dan melahirkan Mio Takamiya, Spirit of Origin.

Setelah menyelesaikan kisahnya, Westcott menegaskan bahwa dia memang membunuh Shinji Takamiya, inkarnasi Shido sebelumnya, dan berharap dengan membunuh lagi, dia akan mendapatkan kekuatan yang cukup untuk menantang Mio. Jijik dengan kekejaman Westcott, Shido bersiap untuk bertarung. Sementara itu, Woodman telah mengalahkan Ellen, namun alih-alih membunuhnya, ia hanya menghancurkan Realizer-nya dan membuatnya pingsan. Sayangnya, Realizer milik Woodman sendiri telah mengambil korban jiwa yang parah dan dia mati berlutut, tetapi tidak sebelum melihat kekuatan Mio untuk terakhir kalinya.

Pasukan AST yang tersisa berlindung di “Fraxinus”, di mana mereka diterima oleh Kotori. Dalam kesempatan itu, mereka mengenali Kannazuki sebagai mantan anggota dan pilot AST yang paling terampil, dan terkejut bahwa Kotori berhasil mengendalikannya terlepas dari kejenakaannya. Sementara itu, Westcott menggunakan Nibelcolle untuk menaklukkan Shido, namun dia diselamatkan oleh Miku dan Natsumi. Berkat kemahatahuan Beelzebub, Westcott dengan mudah menghindari serangan Shido, hingga Shido berhasil mengalahkannya dengan menggunakan serangan improvisasi untuk mengejutkannya.

“Fraxinus” melancarkan serangan ke Wilayah Mio, yang digunakan Tohka dan Origami sebagai pengalih perhatian untuk menyerangnya secara langsung, namun Mio berhasil membunuh mereka dan mengambil Sephira. Mio kemudian melanjutkan ke gerbang “Fraxinus” dan melakukan hal yang sama pada Nia. Kotori menanyai Mio, menanyakan apakah persahabatan mereka selama menjadi Reine adalah sebuah kebohongan. Mio menjawab bahwa dia benar-benar menganggap Kotori sebagai sahabatnya, tetapi bersedia mengorbankan segalanya untuk menghidupkan kembali Shinji, dan dengan demikian membunuhnya dan mengklaim Sephira.

Setelah kematiannya di tangan Mio, Tohka diteleportasi ke ruang hampa, dengan hanya dirinya Inverse, Tenka yang menemaninya. Tenka memberi tahu dirinya yang biasa bahwa mereka berada di dalam Mio dan itu adalah sesuatu yang hanya bisa terjadi pada mereka karena mereka, tidak seperti Spirit lain, sebelumnya bukan manusia. Sebaliknya, mereka secara tidak sengaja terlahir ketika Sephira mereka mendapatkan kehendaknya sendiri. Tenka mengatakan bahwa masih ada cara bagi Tohka untuk kembali ke dunia orang hidup dan membantu Shido, tetapi bantuan tersebut akan singkat dan Mio pasti akan membunuh mereka lagi, tetapi Tohka tidak peduli selama dia dapat memberikan Shido satu kesempatan terakhir untuk menyelamatkan semua orang, jadi Inverted Tohka setuju untuk membantunya kembali.

Shido, yang terjebak dalam dimensi Mio, kehilangan keinginan untuk bertarung setelah mengetahui bahwa semua Spirit telah mati dan hampir membiarkan Mio menghapus ingatannya dalam upayanya untuk membangkitkan Shinji, tetapi Tohka tiba di medan perang dan menginspirasi Shido untuk terus berjuang. Bersama-sama, Shido dan Tohka mengambil darah dari Mio, yang dipaksa untuk mengaktifkan Malaikat keduanya, Ain, untuk menghancurkan Tohka sepenuhnya. Namun, kali ini, Shido menolak untuk kehilangan harapan dan terus bertarung dan klon terakhir Kurumi yang masih hidup tiba untuk membantunya. Dia mengungkapkan bahwa, sebelum kematiannya, Kurumi yang asli mengirimnya ke masa depan.

Setelah berhasil meyakinkan Reine untuk berkencan dengannya, Shido memberitahu Kotori semua kebenarannya dan dia setuju untuk membantu rencananya. Origami, yang menguping pembicaraan mereka, memberi tahu para spirit lain tentang situasi ini, dan mereka semua setuju untuk membantu. Shido juga memberi tahu kloningan independen Kurumi bahwa Mio pasti sudah berada di dalam Kurumi yang asli dan memintanya untuk memberi tahu Kurumi dengan cara yang tidak disadari oleh Mio.

Keesokan harinya, Shido memulai kencannya dengan Reine, dibantu oleh para roh dan kru Fraxinus, tetapi menggunakan alat yang berbeda di tulang selangkanya untuk mencegah Reine mencurigainya. Dia membawanya ke sebuah hotel di mana mereka bersantai di bak mandi bersama, dengan Shido bertanya kepada Reine tentang masa lalunya dan Reine bertanya kepada Shido tentang kenangannya sebelum dibawa oleh keluarga Itsuka. Shido mengungkapkan bahwa dia hampir tidak memiliki kenangan tentang ibunya tetapi yakin bahwa dia meninggalkannya karena alasan yang baik dan bahwa dia mencintainya, membuatnya bahagia.

Shido memberikan kasih sayang kepada Reine secara maksimal dan menciumnya, tetapi gagal menyegel kekuatannya, dengan Reine memanfaatkan ingatannya dan mempelajari apa yang terjadi di masa depan. Kurumi muncul dan berhadapan dengan Reine, ketika separuh diri Mio muncul dari tubuh Kurumi. Namun, sebelum mati, Kurumi menggunakan Zafkiel, mencegah Mio yang telah direformasi untuk mendapatkan kembali Sephira-nya. Shido diselamatkan dan dibawa ke kapal Fraxinus sementara armada DEM menyerang Mio.

Sementara klon Kurumi mengalahkan Nibelcolle, Kurumi menyerang Wescott, mengekstrak Beelzebub darinya, mengubahnya menjadi Raziel dan menyerapnya. Sementara Ellen dan Artemisia melarikan diri dengan Westcott yang terluka, Kurumi mengungkapkan kepada Shido bahwa Kurumi yang ada di hadapannya adalah klon lain yang ditransfer ingatannya dan Sephira oleh yang asli, sebelum dia dibunuh oleh Mio.

Mio muncul di hadapan Shido dan para arwah dan Shido menghadapinya, menegaskan bahwa meskipun dia menghapus ingatannya dan menggantinya dengan ingatan Shinji, dia tidak akan pernah bisa membangkitkan Shinji sepenuhnya. Mio menyerang kelompok tersebut dan Shido memutuskan untuk mencoba menyegel Mio sekali lagi, karena mereka tahu Shido tidak akan dapat mengatur ulang garis waktu dengan Zafkiel lagi dan Kurumi setuju dengan rencananya dengan menciumnya dan memindahkan kekuatan Zafkiel dan Raziel ke tubuhnya.

Mio memutuskan untuk membiarkan Shido membunuhnya, tetapi Shido keberatan dan memutuskan untuk menyegelnya agar ia dapat hidup bersamanya dan spirit lainnya. Namun, Westcott menyelesaikan ritual dengan mengubah dirinya menjadi Spirit of Origin. Setelah mengucapkan selamat tinggal pada Shinji dan Reine, Shido dan Mio bergabung untuk melawan Westcott. Westcott menggunakan raja iblisnya, Belial dan Athiel, rekan jahat dari Ain Soph dan Ain Soph Aur, untuk mencoba menghentikan Shido, tetapi Mio memberikan akses kepada masing-masing roh untuk mendapatkan kekuatan penuh.

Bergabung bersama spirit lainnya, Mio dan Shido membantu melemahkan Westcott, dibantu oleh MARIA, yang telah mendapatkan tubuh fisik berkat malaikat Nia, Raziel, sebagai mitra Nibelcoles. Dengan menggunakan masing-masing malaikat mereka untuk melancarkan serangan skala penuh terhadap Westcott, mereka berhasil melemahkan tubuhnya hingga kehilangan kendali atas kekuatannya. Mio menyatakan bahwa dia mencintai Shido, meskipun tidak pada tingkat yang sama dengan Shinji, dan kemudian mengorbankan dirinya untuk menghentikan Westcott, dan bertemu dengan Shinji di alam baka.