Share to: share facebook share twitter share wa share telegram print page

Biologi sistem

Biologi sistem adalah penggabungan dari beberapa cabang ilmu, seperti genomik, biokimia, dan biologi molekuler. Ilmu biologi sistem bertujuan untuk mendapatkan pemahaman yang menyeluruh (holistik) terhadap makhluk hidup sebagai kesatuan sistem. Beberapa strategi yang dipilih dalam biologi sistem antara lain adalah pengukuran kuantitatif komponen seluler dalam tingkat mRNA, protein, dan metabolit, pengembangan model matematika yang menggabungkan pemahaman biokimia dengan data-data yang dihasilkan oleh eksperimen dengan hasil data bervolume tinggi, aplikasi mikroorganisme. Karena yang dianalisis merupakan data bervolume tinggi, dibutuhkan semacam perangkat mutakhir untuk mengolah, menganalisis, memvisualisasi, dan mensimulasikan data tersebut. Oleh karena itu, pengembangan ilmu bioinformatika berperan.[1]

Perangkat lunak

Systems Biology Markup Language

Untuk memudahkan analisis, evaluasi, dan penyebaran data-data eksperimen yang kompleks, dibutuhkan suatu standar informasi. System Biology Markup Language (SBML) adalah suatu format standar untuk merepresentasikan model reaksi biokimia dan jejaring regulasinya dalam bentuk formal, kualitatif, maupun kuantitatif. Format ini telah diadopsi oleh lebih dari 180 peranti lunak yang terkait dengan pemodelan informasi biologi.[1][2]

Sistems Biology Workbench

Sistems Biology Workbench (SWB) adalah sebuah kerangka perangkat lunak yang berisi bermacam-macam peralatan biologi sistematik. Peralatan ini dapat berupa peralatan untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, peralatan untuk simulasi, dan peralatan untuk melakukan impor terjemahan dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai peranti lunak untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisis data biologi sistematik.[1][3]

CellDesigner

CellDesigner adalah program berbasis Java yang dapat dipakai untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia. Versi CellDesigner terkini telah memperbolehkan melakukan import model dalam format SBML dan mendukung penampilan jejaring biokimia yang didasarkan oleh bahasa diagram proses yang didefinisikan oleh SBGN. Dengan CellDesigner, model dapat dismulasikan dengan tools simulator yang tersedia, atau dengan tools simulator eksternal, seperti yang disediakan oleh SWB.[1][4]

COPASI

COPASI adalah simulator model independen yang bekerja untuk file yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada Ordinary Differential Equation (ODESs) dan model stokastik mengunakan algoritme Gillespie. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state.[1][5]

Data primer biologi molekular

Sampai saat ini, salah satu pencapaian pengembangan ilmu bioinformatika yang paling penting adalah tersusunnya basis data biologi molekuler skala besar. Basis data primer seperti GenBank atau Protein Data Bank sangat berkontribusi dalam membantu riset-riset dalam bidang biologi sistematik untuk berkembang.[1] Salah satu bentuk aplikasinya dalam penelitian biologi sistematik adalah konstruksi jalur metabolik Ralstonia eutropha H16 untuk memahai jejaring metabolik sampai tingkat sistem dengan mengkombinasikan informasi dari basis data. literatur, dan eksperiimen.[6]

Referensi

  1. ^ a b c d e f Likić V a, McConville MJ, Lithgow T, Bacic A. 2010. Systems biology: the next frontier for bioinformatics Diarsipkan 2014-03-29 di Wayback Machine.. Adv. Bioinformatics: 1-10.
  2. ^ Hucka M, Finney A, Bornstein BJ, Keating SM, Shapiro BE, Matthews J, Kovitz BL, Schilstra MJ, Funahashi A, Doyle JC, et al. 2004. Evolving a lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology : the Systems Biology Markup Language (SBML) project Diarsipkan 2014-03-29 di Wayback Machine.. Syst. Biol. 1: 41-53.
  3. ^ Sauro HM, Hucka M, Finney A, Wellock C, Bolouri H, Doyle J, Kitano H. 2003. Next generation simulation tools: the Systems Biology Workbench and BioSPICE integration Diarsipkan 2014-03-29 di Wayback Machine.. OMICS 7:355–72.
  4. ^ Funahashi A, Morohashi M, Kitano H, Kitano H, Tanimura N, Kitano H, Kitano H, Morohashi M. 2003. CellDesigner : a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical network Diarsipkan 2014-04-07 di Wayback Machine.. Biosilico 1:159–162.
  5. ^ Sahle S, Gauges R, Kummer U, Lee C, Mendes P, Tech V. 2006. Simulation of Biochemical Networks Using COPASI - A Complex Pathway Simulator Diarsipkan 2015-04-22 di Wayback Machine.. Di dalam: Perrone LF, Wieland FP, Liu J, Lawson BG, Nicol DM, and Fujimoto RM. 2006. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference: 1698-1706.
  6. ^ Park JM, Kim TY, Lee SY. 2011. Genome-scale reconstruction and in silico analysis of the Ralstonia eutropha H16 for polyhydroxyalkanoate synthesis, lithoautotrophic growth, and 2-methyl citric acid production Diarsipkan 2014-03-29 di Wayback Machine.. BMC Syst. Biol. 5:101.
Baca informasi lainnya:

Maligny Maligny (Frankreich) Staat Frankreich Region Bourgogne-Franche-Comté Département (Nr.) Côte-d’Or (21) Arrondissement Beaune Kanton Arnay-le-Duc Gemeindeverband Pouilly-en-Auxois Bligny-sur-Ouche Koordinaten 47° 5′ N, 4° 31′ O47.0861111111114.51Koordinaten: 47° 5′ N, 4° 31′ O Höhe 331–447 m Fläche 16,72 km² Einwohner 180 (1. Januar 2020) Bevölkerungsdichte 11 Einw./km² Postleitzahl 21230 INSEE-Code 21374 Malign…

8247 ШерілхоллВідкриттяВідкривач Ш. Дж. БасМісце відкриття Паломарська обсерваторіяДата відкриття 20 вересня 1979ПозначенняТимчасові позначення 1979 SP14 1968 US 1979 SE6 1979 UA3 1985 SA7 1985 UU5 2000 HG105 2000 HN105Категорія малої планети Астероїд головного поясуОрбітальні характеристики[1] Епоха…

Sang PencerahPoster rilis bioskopSutradara Hanung Bramantyo Produser Raam Punjabi Ditulis oleh Hanung Bramantyo PemeranLukman SardiYati SurachmanSlamet RahardjoGiring GaneshaIkranagaraIhsan TaroreZaskia Adya MeccaSujiwo TejoDennis AdhiswaraAgus KuncoroPenata musikTya Subiyakto SatrioSinematograferFaozan RizalPenyuntingWawan I. WibowoDistributorMultivision PlusTanggal rilis8 September 2010Negara IndonesiaBahasa Indonesia Jawa Arab PendapatankotorRp 16,7 miliar Sang Pencerah (Hancaraka: ꧋

En este artículo se detectaron varios problemas. Por favor, edítalo y/o discute los problemas en la discusión para mejorarlo: Necesita ser wikificado conforme a las convenciones de estilo de Wikipedia. Carece de fuentes o referencias que aparezcan en una fuente acreditada. Podría ser demasiado largo, y algunos navegadores podrían tener dificultades al mostrar este artículo. No se cumplen las reglas de ortografía, gramática o los estándares definidos en el Manual de estilo de Wikipedia. …

Landidee Logo der LandIDEE Beschreibung Lebensart-Magazin Verlag Funke Lifestyle GmbH (Deutschland) Hauptsitz Ismaning Erstausgabe August 2009 Erscheinungsweise zweimonatlich Verkaufte Auflage 234.407 Exemplare (IVW 3/2023) Verbreitete Auflage 235.278 Exemplare (IVW 3/2023) Herausgeber Sandra Schönbein Weblink landidee.info ISSN (Print) 2193-1453 Landidee (eigene Schreibweise LandIDEE) ist eine Publikumszeitschrift aus dem Segment der Lebensart-Magazine. Sie erscheint seit August 2009[…

Beauty pageant Miss America 1945DateSeptember 8, 1945PresentersBob RussellVenueBoardwalk Hall, Atlantic City, New JerseyEntrants39Placements13WinnerBess Myerson New York City← 19441946 → Miss America 1945, the 19th Miss America pageant, was held at Boardwalk Hall in Atlantic City, New Jersey on September 8, 1945.[1] Two days prior to the actual selection and coronation, the night of the talent competition, the Army Air Force Veterans voted the eventual winner, Miss …

Frogmore Cottage Edificio protegido de Grado II La casa en 1872[1]​LocalizaciónPaís  InglaterraLocalidad WindsorUbicación Frogmore, Home Park, WindsorCoordenadas 51°28′35″N 0°35′53″O / 51.4763, -0.598Información generalDeclaración 2 de octubre de 1975Parte de FrogmoreFinalización 1801Propietario Patrimonio de la Corona Británica[editar datos en Wikidata] Frogmore Cottage es una casa histórica clasificada de Grado II en la finca Frogmore, que…

American TV series or program UnsolvedGenre True crime drama anthology Created byKyle LongBased onMurder Rap: The Untold Story of Biggie Smalls & Tupac Shakur Murder Investigations by Greg KadingStarring Josh Duhamel Bokeem Woodbine Wavyy Jonez Marcc Rose Brent Sexton Jimmi Simpson ComposerJoseph TrapaneseCountry of originUnited StatesOriginal languageEnglishNo. of seasons1No. of episodes10ProductionExecutive producers Anthony Hemingway Mark Taylor Greg Kading Kyle Long Camera setupSing…

شنقوش أباد شنقوش اباد  - قرية -  تقسيم إداري البلد  إيران[1] المحافظة أذربيجان الشرقية المقاطعة مقاطعة أهر الناحية الناحية المركزية القسم الريفي قسم قشلاق الریفي إحداثيات 38°25′55″N 47°09′50″E / 38.43194°N 47.16389°E / 38.43194; 47.16389 السكان التعداد السكاني 170 نسمة …

主要地方道 栃木県道5号 足利太田線群馬県道5号 足利太田線主要地方道 足利太田線 地図 足利南大町 主な経由地(栃木県内) 安良岡太田 主な経由地(群馬県内) 総延長 6.732 km 実延長 3.4957 km 制定年 1954年 群馬県認定1962年 栃木県認定 起点 栃木県足利市通3丁目【北緯36度20分09.6秒 東経139度26分50.5秒 / 北緯36.336000度 東経139.447361度 / 36.336000; 139.447361 (…

  لمعانٍ أخرى، طالع جوليا (توضيح). جوليا النوع كوميدي تأليف مازن طه إخراج إيلي ف حبيب بطولة ماغي بو غصن قيس شيخ نجيبتقلا شمعونجيسي عبدووسام صباغ البلد  لبنان  سوريا لغة العمل العربية عدد الحلقات 30 حلقة شارة البداية نانسي عجرم شارة النهاية نانسي عجرم منتج جمال سنانإي…

1998 book by Kimberley Cornish The Jew of Linz Cover of the first editionAuthorKimberley CornishLanguageEnglishSubjectLudwig WittgensteinPublisherCentury Books, an imprint of Random HouseIn Germany as Der Jude aus Linz: Hitler und Wittgenstein (1998) by Ullstein VerlagPublished in English1998Media typePrintPages298ISBN0-7126-7935-9LC ClassB3376.W564 The Jew of Linz is a 1998 book by Australian writer Kimberley Cornish, in which the author alleges that the Austrian philosopher Ludw…

This article contains content that is written like an advertisement. Please help improve it by removing promotional content and inappropriate external links, and by adding encyclopedic content written from a neutral point of view. (July 2014) (Learn how and when to remove this template message) Balkan Investigative Reporting Network Bosnia and HerzegovinaFormationJanuary 2005 (2005-01)TypeNGO based in Sarajevo specialized in monitoring and reporting war crimes trialsHeadquartersSarajev…

Red Prophet: The Tales of Alvin MakerCover to Red Prophet Volume 1 collection. Art by Renato ArlemPublication informationPublisherDabel Brothers (1-10)Marvel Comics (3-12)ScheduleMonthlyFormatLimited seriesGenre Fantasy Publication dateMarch 2006 – March 2008No. of issues12Creative teamWritten byOrson Scott CardRoland Bernard BrownPenciller(s)Rodney Buchemi, Miguel Montenegro, Renato Arlem, Klebs JuniorInker(s)Renato Arlem, Klebs Junior, Miguel Montenegro, Klebs Moura Jr.Lettere…

Dolphins (NRL) players This article lists all rugby league footballers who have played first-grade for the Dolphins in the Australian National Rugby League. Dolphins NRL away and home jerseys 2023 (front view) Notes Debut: Players are listed in the order of their debut game with the club. Players that debuted in the same game are added alphabetically. Appearances: Dolphins games only, not a total of their career games. Previous club: refers to the previous first-grade rugby league club (NRL or S…

2003 studio album by NekropolisAnubis DanceStudio album by NekropolisReleased2003 (2003)Recorded1997 (1997)StudioNekropolis Studio, MunichGenreProgressive electronicLength76:58LabelNekropolisPeter Frohmader chronology Eismeer(2003) Anubis Dance(2003) Vol. 1(2003) Anubis Dance is the fifth studio album by Nekropolis, released independently in 2003.[1] Track listing All music is composed by Peter FrohmaderNo.TitleLength1.EnTrance7:332.Anubis Rising7:003.Initiation (Electr…

العلاقات المالديفية النيجرية جزر المالديف النيجر   المالديف   النيجر تعديل مصدري - تعديل   العلاقات المالديفية النيجرية هي العلاقات الثنائية التي تجمع بين المالديف والنيجر.[1][2][3][4][5] مقارنة بين البلدين هذه مقارنة عامة ومرجعية للدولتين: وجه …

1980 Canadian filmPhobiaTheatrical posterDirected byJohn HustonWritten byPeter BellwoodLew LehmanJimmy SangsterStory byRonald ShusettGary ShermanProduced byZale MagderStarringPaul Michael GlaserSusan HoganJohn ColicosCinematographyReginald H. MorrisEdited byStan ColeMusic byAndré GagnonDistributed byParamount PicturesRelease date September 9, 1980 (1980-09-09) Running time94 min. (approx.)CountryCanadaLanguageEnglishBudget$5,100,000Box office$59,167 Phobia is a 1980 Canadian horr…

1967 American filmThe Great BlondinoDirected by Robert Nelson William T. Wiley StarringChuck WileyDistributed byCanyon CinemaRelease date April 13, 1967 (1967-04-13) Running time42 minutesCountryUnited StatesLanguageEnglishBudget$20,000 The Great Blondino is a 1967 American experimental film directed by Robert Nelson and William T. Wiley. Plot Blondino is a naïve young man who wanders the streets dressed in medieval attire and pushing a wheelbarrow. He has series of adventures, a…

Majelis Rakyat PapuaPeriode 2017–2022JenisJangka waktu5 tahunPimpinanKetuaTimotius Murib sejak 2017 PemilihanPemilihan terakhir2017Pemilihan berikutnya2022Tempat bersidangGedung Majelis Rakyat PapuaJayapuraIndonesiaSitus webwww.mrp.papua.go.id L • BBantuan penggunaan templat ini Majelis Rakyat Papua (disingkat MRP) adalah sebuah lembaga pemerintahan daerah otonomi khusus di provinsi Papua, Indonesia yang dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi …

Kembali kehalaman sebelumnya

Lokasi Pengunjung: 34.238.138.162